"O último Metroid está em cativeiro. A Galáxia está em paz..." Entramos no traje Varia de Samus Aran para reviver os primeiros momentos da obra-prima do SNES, enquanto a caçadora de recompensas relembra os eventos de Metroid 1 e 2, tenta proteger a criança/larva Metroid das garras de Ridley na Estação de Pesquisa Galáctica em Ceres (Colônia Espacial), e finalmente inicia sua jornada no planeta Zebes, de Crateria a Brinstar, onde ela recupera a bola de transformação e os mísseis para atirar contra os primeiros piratas espaciais.