«El último Metroide ha sido capturado. La galaxia está en paz...». Nos ponemos el traje Climático de Samus Aran para revivir los primeros momentos de la obra maestra de SNES, mientras la cazarrecompensas recuerda los acontecimientos de Metroid 1 y 2, intenta proteger a la cría de Metroide de las garras de Ridley en la Estación de Investigación Galáctica de Ceres (en la colonia espacial), y, finalmente, inicia su viaje por el planeta Zebes, desde Crateria hasta Brinstar, donde recupera la morfosfera y los misiles para abrirse paso entre los primeros piratas espaciales.