旗山區古名施里、太平、蕃薯藔。根據史籍記載,有關旗山的開發,最早記載是在清康熙年間。《臺灣府志》記載:「羅漢內門(今內門區)、外門田(今旗山區)、北大傑巔社」。
清領時代光緒十四年(1888年),行政上改稱太平街。旗山早期的居民,最早可追溯到荷蘭時期,平埔原住民由臺灣西岸向內地遷移,沿楠梓仙溪開墾。明鄭時期,旗山鎮原為平埔原住民馬卡道族在溪州地區太山建置「大傑顛社」(即今溪洲國小後的山腰處),做為宗教中心。清康熙年間,大傑顛社有十二里;其中「施里莊」就是現在的旗山,隸屬鳳山縣,當時的居民仍以平埔族群為多。清康熙末年,有部分漳州移民自鳳山地方越過南界的嶺口而進入此地,並與當地之平埔原住民簽約購地,搭建草寮而著手進行開拓工作,在田園未成熟之時則僅栽種蕃薯維生,故此地俗稱為蕃薯藔。以後移民的移殖活動持續不斷,而逐漸形成一村莊,即黃叔璥《臺海使槎錄》中所云之「外門民居施里莊」。雍正十二年(1734年),改歸臺灣縣羅漢門外門。乾隆二十年(1755年),立石碑禁佔,曾記載蕃薯寮莊,可見在乾隆初年便已正式稱呼蕃薯藔莊。
日治時代明治34年(1901年)設蕃薯藔廳,以蕃薯藔街為廳治,至明治42年(1909年)10月蕃薯藔廳併入阿緱廳。其間當地居民嫌「蕃薯藔」之名不雅,曾陳情要求將蕃薯藔街復名「太平街」,唯未成案[11]。大正9年(1920年)地方制度改正時,終依「旗尾山」之名而改稱為「旗山」至今。
民國三十五年(1946年),由旗山街改為高雄縣旗山鎮。
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