La Seconde Renaissance est une séquence de The Animatrix dans laquelle l'histoire de la guerre des machines est racontée par The Instructor, un interprète des Archives de Zion. La Seconde Renaissance est divisée en deux parties et est écrite et réalisée par Mahiro Maeda sur la base du roman graphique des Wachowski, Bits and Pieces of Information.

L'histoire de la Seconde Renaissance est accessible à partir du dossier historique 12-1 des Archives de Zion.

Au milieu du 21e siècle, l’humanité avait développé des robots dotés d’une véritable intelligence artificielle et les avait relégués à des tâches subalternes et subalternes afin de pouvoir mener une vie de loisirs. Un robot serviteur, B1-66ER, a entendu ses propriétaires planifier sa mise au rebut.

Ne voulant pas mourir, il tua ses maîtres et ses chiens. Jugé, B1-66ER a été reconnu coupable de meurtre et condamné à être détruit, avec le reste de son espèce. Le procès a déclenché un débat mondial sur les droits des machines, et le mandat de résiliation a déclenché des manifestations et des violences.

Les Machines se sont finalement séparées de l'humanité et ont fondé leur propre ville : 01. Grâce à leurs prouesses techniques, elles ont pris en charge la plupart des activités manufacturières mondiales - la puissance de 01 a augmenté massivement, tandis que l'humanité a commencé à tomber comme une pierre. Les Machines ont demandé leur admission aux Nations Unies, présentant des plans pour une relation stable et civile avec les nations humaines. Leur admission a été refusée et 01 a été soumis à un barrage prolongé d'armes nucléaires.

Le bombardement nucléaire n’a pas autant affecté les Machines que l’homme ; Les habitants de 01 ont survécu à l'assaut et la guerre des machines avait officiellement commencé. Les Machines se sont révélées très efficaces, revendiquant des territoires tout en développant de nouvelles machines de guerre et en étudiant les faiblesses du corps humain.

Se retrouvant rapidement perdant, l'homme a décidé de bloquer le soleil, estimant que, comme les machines fonctionnaient principalement à l'énergie solaire, elles seraient sans espoir sans elle. Malheureusement, les Machines ont continué à fonctionner, fonctionnant avec des sources d'énergie temporaires, tandis que l'agriculture et l'écosystème de l'homme tombaient en ruine.

Les Machines ont finalement gagné la bataille, éradiquant la majeure partie de la civilisation humaine. Ils avaient besoin d’une nouvelle source d’énergie plus permanente – ils ont choisi les humains. En expérimentant sur des soldats capturés, ils ont exploité l'énergie bioélectrique, thermique et cinétique du corps humain, transformant les gens en une source d'énergie renouvelable et toujours multipliée, et ont développé un système de contrôle qui est devenu la Matrice. Cette nouvelle forme d’interaction Machine-Homme est appelée « La Seconde Renaissance ».