西班牙的史料記錄多著重於報告傳教業務，對於教堂建築形制、規模及其座落幾乎隻字未提，荷蘭人所繪製的地圖，反而給後人更多關於教堂位置的線索。依據荷蘭史料顯示，東印度公司擊敗西班牙勢力時，曾將島上的西班牙俘虜四百餘人暫時囚禁於教堂之中；《熱蘭遮城日誌》中亦記錄了東印度公司佔領雞籠初期，公司士兵暫居於教堂與修道院的情況。由此可推論至少直至西班牙人離去的1642年，諸聖教堂已成為一座能夠收容軍隊、面積龐大且堅實的建築。目前挖掘出的範圍，可能僅是教堂的一處。