Yan Etki, hastalığına çare olsun diye aldığı ilacın yan etkisiyle hayatı alt üst olan bir adamın hikayesini konu ediyor. Cem ve arkadaşları, karanlıklık işlerle uğraşan bir takım insanlar için biyolojik silah geliştirir. Onlar bu süreçte Cem'in hastalığına çare bulurlar. Ancak ilacın bir takım yan etkileri de vardır. İlacın özel güçler kazandırdığını fark eden karanlık insanlar, formülü ele geçirmeye çalışır. Bu sırada ilacın yan ekisinden dolayı paranoyaklaşan Cem, arkadaşlarının kendisine kazak attığına inanarak İstanbul'dan kaçar.