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21. Cooking pan-genomes

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Summary

原核生物の汎ゲノムを解析してコア遺伝子群とアクセサリ遺伝子群の組換え頻度を解析した論文を頑張って紹介しました。

Starring

エビ、イシ

Show notes

  • Steinberg et al. (2022) eLife: 今回紹介した論文。オープンアクセス。2022/11/13 現在、eLife には論文のバージョンという概念があり、今回はバージョン2を紹介しました。
  • Kussell Lab
  • Non-allelic homologous recombination
  • 16SリボソームRNA
  • Maiden et al. (2018) PNAS: Multilocus sequence typing のオリジナル論文
  • Pan-genome: なぜか日本語のページが存在しない… 昨年の 4 月には Human Pangenome Reference Consortium から ヒト汎ゲノムプロジェクトについての Perspective paper が公開されていました。
  • 14:55 あたりの Pan-genome を説明する図: McInerney et al. (2017) Nature Microbiology の Figure 1 を参照しました。誰でもアクセスできる図だと PacBio 社のウェブサイト がわかりやすく、この場合 “Core” 以外の領域に含まれる遺伝子が Accessory genome に該当する。
  • 17:40 あたりの Accessory chromosome: Episode 17 で Wasp の B 染色体に言及しました。
  • Ilya Mechnikov (イリヤ・メチニコフ): 当時ロシア帝国の領内であったハリコフ出身の微生物学者・動物学者。
  • 23:50 あたりの germline-restricted chromosome: たとえば Torgasheva et al. (2019) PNAS
  • Lin and Kussell (2019) Nature Methods: 今回紹介した論文で使われた mcorr という手法の原著論文。
  • Streptococcus pneumonia (肺炎球菌)
  • Coalescent theory
  • Fig 1B,　縦軸が揃ってないことに気づきました、見た目で比較するのが難しい…
  • 効果量, Cohen’s d, 検出力, 検出限界: 三重大の奥村先生の記事。Cohen の d について解説されている。
  • Hill-Robertson interference
  • Hitchhiking effect
  • αサテライト配列
  • Reddit: Pasta on pizza, who asked for this?!

    • Editorial notes

    • Fashion changes, but style endures. - ココ・シャネル (イシ)
    • スイスに来て、米食からパン食やスパゲッティ食に切り替わりました (エビ)
    • 収録日: 2022.09.17
    • 編集: エビ


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