愛玉凍是搓洗愛玉子的果實(種子)而來，愛玉子為臺灣的特有作物，因為它必須與一種臺灣特有昆蟲-愛玉小蜂共生才能產出果實，這是愛玉子是根留臺灣的秘訣，因此稱得上是臺灣的國寶。苗栗農改場為提升農民生產效益，研發出具有抗蟲特性的苗栗1號及早生特性的苗栗2號，苗栗1號相較於其他品種對於膠蟲的抗性較高，較容易管理，很適合有機或友善栽培。苗栗2號則相較於一般品種，可提早快一個月的時間採收，這些新品種在新竹、嘉義、台南、高雄及花蓮均有農友種植，占全國產量約15%左右。