Colombia Diversa ha abogado por los derechos de las personas transexuales en diferentes ámbitos, incluyendo el sistema carcelario. En este sentido, esta ha sido una de las múltiples organizaciones que han expresado su preocupación por las dificultades y desafíos que enfrentan las personas trans en las cárceles, donde pueden ser víctimas de discriminación, violencia y violaciones a sus derechos humanos. La organización también ha señalado que las personas trans en situación de reclusión a menudo enfrentan obstáculos para acceder a una atención médica adecuada, incluyendo la atención de salud relacionada con su identidad de género. Además, esta es una población que, a menudo, suele enfrentar problemas de seguridad, como la colocación en celdas inapropiadas según su identidad de género, lo que aumenta el riesgo de violencia y abuso.

Colombia Diversa ha defendido la implementación de políticas y medidas que garanticen el respeto de los derechos de las personas trans en las cárceles. Esto incluye el acceso a la atención médica y el tratamiento de afirmación de género adecuados, así como la implementación de protocolos de seguridad que tengan en cuenta las necesidades y la identidad de género de las personas trans.