Im Finale der zweiten Staffel geraten Castle und Beckett bei der Aufklärung eines Profimordes in eine brenzlige Agentengeschichte ganz nach dem Geschmack des Autors

Ein Raubmord veranlasst Beckett dazu, Raubspezialist Demming in die Ermittlungen einzubeziehen. Castle wird Zeuge einer aufblühenden Romanze zwischen den beiden, doch ein Mann wie er gibt nicht auf.

Der Mord an einem berühmten Küchenchef führt Castle und Beckett in die Welt eines Waisenkindes, das zum Frauenliebling und Star geworden war und sich dabei Feinde geschaffen hatte.

Die Spuren eines sadistischen Mordes weisen ins Revier 54, wo Esposito früher gearbeitet hat. Unter Tatverdacht gerät sein vermeintlich toter Expartner Ike, der nach heimtückischen Verleumdungen untergetaucht war. Beckett erfährt, dass ihr aktueller Lieblingsdetective Demming einst die bösen Gerüchte gesät haben könnte und verstrickt sich mit ihm in einen Ringkampf voller zwiespältiger Gefühle. Derweil gerät Esposito beim Versuch, Ikes Unschuld zu beweisen, in tödliche Gefahr. Ein Dieb wird nach einem Einbruch in ein Bankdepot ermordet aufgefunden, hingerichtet mit dem Strom einer Autobatterie. Die Spuren weisen Beckett und Castle den Weg zum New Yorker Revier 54, wo Esposito früher gearbeitet hat.
Wegen eines Fingerabdrucks gerät ein vermeintlich Toter unter Mordverdacht: IkeThornton, Espositos ehemaliger Partner. Dieser war drei Jahren zuvor verschwunden, nachdem er unter Verdacht geraten war, gemeinsame Sache mit einem Mafiaboss gemacht zu haben,

Als Stargast des Late-Night-Talkers Bobby Mann erlebt Castle doppelt Aufregendes: Während ein hinreissendes Starlet ihn mit ungebremster Zuwendung beglückt, flüstert ihm der Gastgeber zu, sein Leben sei in Gefahr.

Ein Archäologe wird ermordet, nachdem er mit dem Sarkophag eines Mayakönigs aus Mexiko zurückgekehrt ist. Castle und Beckett finden alsbald Verdächtige zuhauf: eine gefühlsmässig verstrickte Mumifizierungsexpertin

Castle wird klar, dass der totgeglaubte Serienmörder noch am Leben ist und es weiterhin auf Beckett abgesehen hat. Er versucht, Beckett telefonisch zu warnen, doch wenige Sekunden später fliegt auch schon deren Wohnung in die Luft. 

Ein Serienmörder ist von der Romanfigur Nikki Heat besessen, und stellt Beckett alias Nikki immer wieder vor neue Rätsel. Nach einem zweiten Mord schaltet sich das FBI ein. Obwohl Special Agent Jordan Shaw immer wieder auf vielversprechende Hinweise stößt,

Ein bizarr inszenierter Mord an einer jungen Frau führt Castle und Beckett in die Sadomaso-Szene. Die Untersuchung des Todes der Doktorandin, welche die Soziologie von Fesselspielen und Dominanz ergründen wollte, nimmt für Castle einen unerwarteten Verlauf: Beckett, die den Autor mit ihrer erstaunlichen einschlägigen Kompetenz irritiert, bucht für Castle einen Termin bei der legendären Miss Venom. Seine Erkenntnis: Das Opfer hatte die Distanz zu ihrem Studienobjekt verloren. Eine schöne junge Frau wird ermordet in einem Park aufgefunden, in einem Klettergerüst hängend und mit flüssigem Karamell übergossen.

Ein heiss geliebter ehemaliger Baseball-Star wird nach einem Goodwill-Trip nach Kuba ermordet aufgefunden. Die Ermittlungen führen Castle und Beckett in die Kubaner-Gemeinde von New York, wo sich alsbald Mordmotive zuhauf finden, die sich um Geld, Eifersucht und politischen Verrat drehen. Zudem muss Castle, von seiner Tochter Alexis dazu gedrängt, sich damit auseinandersetzen, dass er ohne Vater aufgewachsen ist.