Cet article d’opinion scientifique remet en question la façon dont nous évaluons la « complétude » des génomes assemblés à partir de métagénomes (MAGs). Les auteurs expliquent que des scores de qualité élevés peuvent donner une fausse impression d’un génome complet, alors que des régions essentielles — comme les éléments mobiles, les plasmides ou les groupes de gènes impliqués dans la production de molécules spécialisées — peuvent être absentes.

En comparant les MAGs avec des génomes de référence, ils montrent que ces informations manquantes peuvent limiter notre compréhension de l’adaptation écologique, de l’évolution et des fonctions réelles des microbes. Les auteurs proposent donc de faire la différence entre une complétude mesurée par des marqueurs génétiques et une véritable complétude biologique, qui reflète mieux les capacités d’un organisme.

En résumé : un génome peut sembler « complet » selon les chiffres, mais avoir encore plusieurs pièces importantes manquantes pour comprendre la vie microbienne.

https://doi.org/10.3389/fmicb.2026.1884628