东晋王朝的衰亡与刘裕的当国沈约在《宋书·孔季恭传》 论里说过:江东“外奉贡赋，内充府实，止于荆、扬二州”，而会稽“带海傍湖，良畴亦数十万顷”，浙东是东晋的剥削渊薮无疑。自从浙东农民起义发生之后，政府派大军进行镇压，除了大肆抢掠以外，还放手屠杀，把江浙地区，搞得残破不堪，所谓“三吴.... 编户饥馑，公私不赡”(《晋书·简文三子传》),“饥馑疾疫”，“歼亡事极”(宋书·孔季恭传》论)，扬州的生产事业遭到破坏，荆州的势力自然驾御扬州而上。因此，荆州都督桓玄乘“东土..... 饥馑，漕运不继”(《资治通鉴》晋安帝元兴元年)，东晋政府财政粮食都非常困难的时候，封锁长江，不让上游的物资向下游运输，“商旅遂绝”。于是下游的粮荒更加严重，兵卒的食粮至以粰(谷皮)、橡实代替。东晋政府迫不得已，下令讨伐桓玄，以司马元显为征讨大都督，刘牢之为前锋都督，率军讨玄。桓玄也上表指斥司马元显罪状，举兵东下。公元402年三月，刘牢之为桓玄收买，北府兵不战而降于桓玄，因此桓玄取得了决定性的胜利， 长驱入建康，司马道子、元显父子先后被杀。以后桓玄又逼安帝而这退位，公元403年十二月，桓玄自己登位做皇帝，国号楚。
表面上是改朝换代了，实际还是危机四伏。东土诸郡，还是有无数农民在“饥馑疾疫”中死去，所谓“会稽饥荒......百姓散在江湖采稆”，“顿仆道路，死者十八九"(《晋书·桓玄传》，“三吴大饥，户口减半，会稽减什三四，临海、永嘉[死散]殆尽”(《资治通鉴》晋安帝元兴元年)。这样严重问题，新王朝不但不能予以及时解决，相反危机还在加深。
荆州军的成功，是由于北府兵将领的倒戈迎降，以当时实力而论，能与荆州军为敌的，也就是这支北府兵。无怪桓玄认为要巩固自己荆州系统的新政权，削弱北府兵将领的力量是他的主要任务了。因此桓玄在进入建康之后，首先剪除北府将领，夺刘牢之兵权，转牢之为会稽太守，牢之想举兵反抗没有成功，自缢而死。玄又先后杀北府将领吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、高平相竺朗之、辅国将军刘袭、袭弟彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等。同时桓玄又不得不提拔一些北府后起的将领如刘裕等，来作为他的爪牙，使北府兵能够对他效忠，北府兵依旧能成为拱卫下游的力量。