范缜是南朝少见的无神论者，不信佛也不信鬼神，做地方官时下令拆毁神庙。梁武帝崇佛，几乎把佛教定为国教，范缜却修订《神灭论》，在亲友间流传。梁武帝组织王公朝贵六十二人写信围攻，想借皇权压服他。范缜坚持真理，毫不退缩，逐一辩驳。一篇《神灭论》，为何让皇帝如此紧张？到底谁在害怕人死无神？

他认为“伍员浮尸于江流，三间(屈原)沉骸于湘渚”，以及贾谊、桓谭、冯衍之徒，“皆摈斥于当年，韫奇才而莫用”，“此岂才不足而行有遗哉？”这种现象，除了用自然之命来解释外，就无法予以说明。当时世家大族把持政权，“高才而无贵仕，饕餮而居大位”。在“薰(香草)莸(臭草)不同器，枭(恶鸟)鸾(仁鸟)不接翼” 的情况下，必然使得“浑敦(古代传说中的糊涂人)、梼机(古代传说中的恶人)，踵武于云台之上(相继做大官)；仲容、庭坚(古代传说中的有才德的人)，耕耘于岩石之下”。由于历史条件的限制，刘孝标只能把这种现象归之于自然的命运了。他还提到在北朝，当时的拓跋贵族，“居先王之桑梓，窃名号于中县。与三皇竞其氓黎，五帝角其区宇。种落繁炽，充牣神州”。无数汉族平民，则被掠作奴婢，刘孝标本身就是经历过这种境地的，他不禁感叹说:“呜呼！福善祸淫，徒虚言耳！”因果报应，又在哪里？于是他批驳了报应说:“为善一，为恶均，而祸福异其流，废兴殊其迹。荡荡上帝，岂如是乎？”他不相信有上帝在主宰着善恶。
刘孝标和戴逵一样，有定命论的倾向，他说:“所谓命者，死生焉，贵贱焉，贫富焉，治乱焉，祸福焉，此十者，天之所赋也。”所不同于戴逵的是，他说:“愚智善恶，此四者人之所行也。”认为人的愚智善恶，与自然之命无关，而“在于所习”。东汉王充说过； “夫中人之性，在所习焉。习善而为善，习恶而为恶也。”(《论衡·本性篇》)刘孝标倾向于王充的这种主张。所以他又说:“素丝无恒，玄黄代起；鲍鱼芳兰，人而自变。”他并且举子路和楚穆王二人为例，“季路学于仲尼，厉风霜之节；楚穆谋于潘崇，成杀逆之祸(指商臣谋于潘崇，杀其父楚成王)”。可见善没有产生善果，恶也没有得到恶报，“而商臣之恶，盛业光于后嗣；仲由(即子路)之善，不能息其结缨(子路结缨而死)”。这样，他就得出这么一个结论，“斯则邪正由于人，吉凶在乎命也”。意思是说，贵贱吉凶决定于自然之命，为善作恶却是事在人为。因此他一方面批驳了因果报应说，一方面又鼓励自己努力去做好事，“善人为善，焉有息哉！”
刘孝标所说的自然之命，比起戴逵的宿命论来是前进了一步。但是他虽然批判了“福善祸淫”的宿命论，却又陷入了“吉凶在乎命”的宿命论。他在《自序》中，说自己“魂魄一去，将同秋草”，这又说明他把精神看作某种可以离开形体的特殊物质。他同在他以前的无神论者一样，都不能把神灭思想坚持到底。

《后汉书》作者范晔不信鬼神，是无神论者，可惜相关作品没传下来。临死一句气话，还被笑神灭论不彻底。刘孝标更坎坷：八岁被掠为奴，逃回江南后勤读成“书淫”，却因出身被世族排挤，一生不得志。他把愤慨写进《辨命论》，说命运是自然铁律，鬼神不能预，人的才智也改不了命。命运真能决定一切吗？刘孝标的故事实在让人唏嘘。

何承天就围绕《均善论》所提出的问题，和宗炳展开了争论。 他首先批驳了宗炳“人形至粗，人神实妙，以形从神，岂得齐终” 的说法。认为“形神相资，古人譬以薪火。薪弊火微，薪尽火灭。 有其妙，岂能独传”(《弘明集》卷3何承天《答宗居士书》)。并表示自己对因果报应的看法，说佛教徒“若唯取信天堂地狱之说，因缘不灭之验，抑情菲食，尽勤礼拜，庶几荫罗帐之盖，升弥镫之座，淳于生所以大谑也”(《答宗居士书》)。
何承天在他所著《达性论》里，又驳斥了佛教的轮回学说。 他认为“生必有死，形毙神散，犹春荣秋落，四时代换，奚有于更受形(更受人形)哉”(《弘明集》卷4)。这是说，人的生死，好比草木的枯荣，四季的更替，一旦身死神散，怎会转生来世呢？在《报应问》中，他说:“夫欲知日月之行，故假察于璇玑(古代观察天文的仪器)；将申幽冥之信，宜取符于见事。故鉴燧悬而水火降，雨宿离而风云作，斯皆远由近验，幽以显著者也。”他从研究自然科学的实践精神出发，批驳了因果报应说的荒唐无稽。他还以人所共知的自然现象为例，说:“夫鹅之为禽，浮清池，咀春草，众生蠢动，弗之犯也；而庖人执焉，鲜有得免刀俎者。燕翻翔求食，唯飞虫是甘；而人皆爱之，虽巢幕而不惧。”意思是说，鹅浮游于池塘，与人无争，而难免死于刀俎之下；燕以昆虫为食，却得到人们的爱护。“是知杀生者无恶报，为福者无善应。”他进一步诘问道:“若谓燕非虫不甘，故罪所不及；民食刍豢(家畜)，奚独婴辜(受罪)。”(《广弘明集》卷20)何承天以浅显生动的道理批判了因果报应说，丰富了当时的反佛教神学思想。
但是何承天还不敢彻底地否认鬼神。例如说:“昔人以鬼神为教，乃列于典经，布在方策。郑侨(子产)、吴札(季札)，亦以为然。”(《弘明集》卷4《重答颜光禄》)“明有礼乐，幽有鬼神，圣王所以为教，初不味其有也。”(《答宗居士书》)“余谓佛经但是假设权教，劝人为善耳。”(《报应问》)他虽然驳斥了佛教因果报应、轮转世之说，但对神道设教用以麻醉人民的根本思想，却仍然采取一种存而不论的态度。他同人家讨论神灭、神不灭问题的时候，又曾提道:“夫神魄惚怳，游魂为变，发扬凄怆，亦于何不之。” (《弘明集》卷4《答颜光禄》这也说明由于何承天和传统思想没有完全决裂，他的无神论学说，就无法前进一步了。
何承天围绕《均善论》与宗炳论战。他批驳神不灭，认为形神如薪火，薪尽火灭，神不能独传。又用鹅和燕子反驳因果报应：鹅不害人却死于刀俎，燕子捕虫却受人爱护，杀生无恶报，行善无善应。何承天写下《达性论》《报应问》，用自然常识拆穿轮回转世。但他仍不敢彻底否认鬼神，认为圣人以神道设教。这让他离真正的无神论还差一步。

南朝学术界爆发了一场顶级论战。天文学家何承天把一篇批评佛教的文章，故意寄给笃信佛教的名士宗炳看。这篇文章直言佛教宣扬地狱天堂是恐吓利诱，还不如老庄思想实在。宗炳立刻反击，抛出“精神不灭，法身无形”的理论，甚至用舜和商均的身世来强解因果报应。高手过招，扣人心弦。这一来一回的文字交锋，究竟谁能在逻辑上更胜一筹？

戴逵，字安道，谯郡铚县(今安徽滩溪县)人。“博学，好谈论，善属文，能鼓琴，工书画，其余巧艺靡不毕综。”(《晋书·隐逸·戴逵传》)青年时，东晋宗室太宰武陵王司马晞听说他善于鼓琴，派人去招他，他对来人把自己的琴磕破，说:“戴安道不为王门伶人！”他一直隐居在会稽剡中(今浙江嵊州)，不肯做官。 东晋孝武帝太元二十年(公元395年)病卒，年约六十岁。戴逵因为是名画家，所以他经常画佛像，并和当时名僧慧远等有来往，可是他并不相信因果报应之说。在他的《释疑论》中有这样的说法:“尧、舜大圣，朱(丹朱，尧子)、均(商均，舜子)是育；叟(舜父)下愚，诞生有舜；颜回大贤，早夭绝嗣；商臣(即楚穆王，弑父代立)极恶，令胤克昌(楚庄王即楚穆王子)；....比干忠正，毙不旋踵；张汤酷吏，七世珥貂(子孙七代都做大官)。”“又有束脩履道，言行无伤，而天罚人楚(苦)，百罗备婴；任性恣情，肆行暴虐，生报荣贵，子孙繁炽。”他举了这一系列事实，说明好人得不到好报，而恶人也并没有得到恶报，因此他认为因果报应之说， 是没有根据的。他在《答周居士难释疑论》中说:如果认为有“冥司”之说，可以“祈验于冥中”的话，那么冥司应该像阳间理国治家一样，“善无微而不赏，恶无纤而必罚”。“积善之家，被余庆于后世；积不善之家，流殃咎乎来世”。可是事实却不然，“或恶深而莫诛，或积善而祸臻；或履仁义而亡身，或行肆虐而降福。岂非无司(冥司)而自有分命乎？”可见戴逵是不承认有所谓阴司地狱的。戴逵又在《流火赋》里这样说:“火凭薪以传焰，人资气以享年，苟薪气之有歇，何年焰之恒延。”(《初学记》卷25引)也认为薪尽火灭，人死神灭。可惜他的作品保留下来的不多，无法窥知其详了。
由于时代的局限和阶级的局限，戴逵虽不信因果报应说，但
认为“圣人之救其弊，因神道以设教”(《释疑论》),因果报应说“故是劝教之言”(《答周居士难释疑论》),他并没有决心把它根本推翻掉。同时，他虽不信因果报应说，却认为人的善恶，都是由“分命”决定的，“分命原定于冥初(出生之前)”,人的“穷达善恶，愚智寿夭，无非分命”(《答周居士难释疑论》)。这样，他的宿命论思想，就给唯心主义保留了地盘。

东晋、南朝始终没有用政治力量来禁止佛教，主要原因在于江南僧尼人数，最多时不到十来万人，南朝政权有足够的力量来控制僧尼。以沙门该不该向帝王行跪拜礼一事为例，从东晋成帝时(公元326-342年)起，就开始讨论了。按照佛教的规矩， 僧侣见了什么人都不跪拜，只是合掌致敬。因此大多数有名僧侣和佞佛朝贵都倾向“不应尽敬”。可是到了宋孝武帝大明六年，朝廷下令僧侣对皇帝必须行跪拜礼，有僧人不遵守的，即“鞭顔鐵面面新之"(《#弘明集》巻 6《叙列代王臣滞惑解)，僧信就立刻屈服了。世俗地主和僧侣地主之间的矛盾，在南方不比在北方那样突出，所以南朝不曾出现政教之争，不是由统治政权在政治上用暴力来摧毁佛教。这个任务落在唯物主义学者的肩上，要求他们在思想界展开一场辩论，在理论上给予佛教思想以致命性的打击。范缜的杰出著作--《神灭论》，就是在这种情驱有鬼论与无鬼论，神不灭论与神灭论的论争，本质上就是唯物主义与唯心主义两种思想的斗争。东汉以来，在唯物主义战线上，就有不少优秀的战士如桓谭、王充等，他们都坚持着无神论的主张。魏晋以后，宗教气氛弥漫全国，无神论者便不懈地展开反对宗教神学的斗争。
孙盛，字安国，太原中都(今山西平遥西北)人，仕东晋官至秘书监。他非常博学，著有《魏氏春秋》《晋阳秋》，是当时著名的历史学家。又善于言名理，连著名玄学家殷浩都无法难倒他。 当时有罗含，著《更生论》，主要论据是:“善哉！向生(向秀)之言曰:‘天者何？万物之总名；人者何？天中之一物。’因此以谈，今万物有数，而天地无穷。然则无穷之变，未始出于万物。万物不更生，则天地有终矣。天地不为有终，则更生可知矣。”罗含从这一论点出发，认为人的精神可以离开肉体而存在，而且是“聚散隐显，环转于无穷之涂”(《弘明集》卷5)。孙盛不同意罗含的这种唯心主义看法，在他给罗含的信中，说:“吾谓形既粉散，知[神]亦如之，纷错混淆，化为异物。”(《弘明集》卷5《与罗君章书》)他明确地主张神随形灭，用神灭思想批判了神不灭思想。

梁武帝痴迷佛教，建寺度僧极尽奢靡，建康佛寺五百余所，僧尼十余万，直接导致国家户口减半。但这并非个案，从东晋到陈朝，僧侣兼并土地、聚敛财富、躲避劳役，被抨击为“避役奸诈之徒”。桓玄、宋孝武帝、郭祖深等人多次主张沙汰僧尼、毁废佛寺，想让僧侣还俗务农或充军，却始终寸步难行。佛寺奢华与国困民穷形成了死结。佛教在南朝过度膨胀，为何刹不住车？

东晋南朝时期佛教盛行，从皇帝到世家大族都狂热信佛。梁武帝萧衍三次舍身出家，每次都要群臣花一亿万钱赎回，还长年只吃粗粮蔬菜。王公贵族像竟陵王萧子良，亲自给僧人送饭送水。世家大族如琅琊王氏、陈郡谢氏也都深度参与。统治者大建佛寺，却苦了百姓。有人宁可倾家荡产去拜佛，地方官甚至诬告百姓抢劫、强占民田来修寺庙。宋明帝建佛寺极尽奢侈，有大臣直说这是用百姓卖儿卖妇的钱堆出来的，佛若真有灵，看到只会悲伤。

高僧慧远留下的精神遗产，远超你的想象。他提出佛性是永恒不变的终极境界，人人都具备不灭的“神魂”。更颠覆的是，他把因果报应解释成一种基于个人情感的“感应”，福祸都由自己的贪爱与无明招致。他还创建白莲社，让普通人只需念佛就能期待来生净土，是不是很巧妙？而这位佛门领袖，一面坚持僧人不拜帝王，一面又大谈儒释玄三家思想可合而为一。他究竟是在出世还是入世？这或许就是佛教完成本土化并深入人心的顶层设计。