En cuanto a su estructura el PAA se compone de dos núcleos, el primero se puede denominar el núcleo estratégico, en el cual están descritos los objetivos, las metas para alcanzar los objetivos y las estrategias a seguir en la organización para poner en práctica; el segundo núcleo, se puede llamar el núcleo de recursos, donde se establecen los recursos necesarios para la operatividad del PAA, dentro de los recursos tenemos los financieros, humanos y técnicos, aquí también se ubican los programas y proyectos diseñados en el marco del PAA que se van a realizar.