พระธรรมฮาบากุกเล่าถึงผู้เผยพระวจนะฮาบากุกผู้มีชีวิตอยู่ในช่วงทศวรรษสุดท้ายของอาณาจักรอิสราเอลใต้ที่เต็มไปด้วยความอยุติธรรมและการกราบไหว้รูปเคารพ. เขาต่างจากผู้เผยพระวจนะคนอื่นตรงที่เขาไม่ได้กล่าวโทษอิสราเอล แต่ทูลต่อพระเจ้าเป็นการส่วนตัวถึงข้อกังวลของเขา.

การคร่ำครวญแรกของเขาคือสภาพที่เลวร้ายในอิสราเอลซึ่งธรรมบัญญัติถูกละเลยนำไปสู่ความรุนแรงและอยุติธรรม. พระเจ้าทรงตอบว่าพระองค์จะใช้บาบิโลนมานำความยุติธรรมมาสู่พวกเขา. ฮาบากุกโต้แย้งว่าบาบิโลนเลวร้ายยิ่งกว่า ไร้ศีลธรรม และยกอำนาจทหารเป็นเหมือนพระเจ้า. เขาตั้งคำถามว่าเหตุใดพระเจ้าผู้บริสุทธิ์จึงทรงใช้ชนชาติชั่วร้ายเช่นนี้.

พระเจ้าทรงตอบให้ฮาบากุกบันทึกนิมิตอนาคตที่แม้จะมาช้าแต่จะมาถึงแน่ โดยผู้ชอบธรรมจะดำรงชีวิตด้วยความเชื่อ. พระองค์จะคว่ำบาบิโลนและชนชาติที่กระทำแบบเดียวกัน เพราะการกดขี่สร้างวงจรแห่งการแก้แค้น. คำสัญญาของพระเจ้าขยายความด้วยชุด "วิบัติทั้งห้า" ที่อธิบายถึงการกดขี่ข่มเหงที่แพร่หลายในชาติพันธุ์ต่างๆ เช่น การค้าที่เอาเปรียบ แรงงานทาส ผู้นำที่ไร้ความรับผิดชอบ และการกราบไหว้รูปเคารพ (เงินทอง อำนาจ รัฐ).

บทที่ 3 คือคำอธิษฐานของฮาบากุกขอให้พระเจ้าทรงกระทำในปัจจุบันเหมือนที่เคยพิชิตอาณาจักรฉ้อฉลในอดีต. เขาบรรยายถึงการเสด็จมาของพระเจ้าผู้ทรงฤทธิ์คล้ายกับการอพยพครั้งใหม่และการพิชิตความชั่วร้ายของฟาโรห์และบาบิโลนในอนาคต ซึ่งพระองค์จะนำความยุติธรรมและช่วยผู้ถูกกดขี่. ฮาบากุกสรุปด้วยการสรรเสริญแห่งความหวัง เชื่อมั่นในพระเจ้าแม้โลกจะแตกสลาย กลายเป็นแบบอย่างของผู้ชอบธรรมที่ดำรงชีวิตด้วยความเชื่อ.