Rodrigo Santana virou técnico em 2010, e já passou por vários clubes como: Pinheiros-SC, Portuguesa Santista, União Suzano, São Carlos e Juventus-SP; Uberaba, URT. Em 2019, assumiu o Atlético Mineiro. Em 2020, passou por dois clubes do Sul, Avaí e Coritiba, e, em 2021, pelo Confiança-SE. Chegou a ser anunciado como auxiliar-técnico do Corinthians mas, após uma polêmica sobre política, acabou sendo dispensado.