香港當局5月18日中午發布公告,香港駐台灣的機構:「香港經濟貿易文化辦事處」即日起暫停運作,並且表示這項安排與台灣疫情無關。台灣的大陸委員會當天下午表示,港府單方面做出這個決定,「我方甚感遺憾」。陸委會的聲明也提到,為了顧及台港民眾的福祉,保障台灣在港國人的權益,台灣駐香港辦事處人員仍然會堅守崗位,持續運作,提供台港民眾相關服務。
5月21日,香港特區政府就「香港經濟貿易文化辦事處」暫時停止運作回應傳媒查詢,表示:港台關係是兩岸關係的特殊組成部分。二○一一年十二月在台北市開始運作的「經貿文辦」,是在「九二共識」的基礎建立的。
這份聲明表示,最近幾年,台方多次粗暴干預香港事務,包括推出「援港專案」,設立「台港服務交流辦公室」,為在香港民主抗爭中的人員提供支援。港府表示,台方這一連串行為已經嚴重破壞港台關係,讓經貿文辦在台灣的運作環境日趨惡化。另一方面,經貿文辦人員也曾受島內激進人士的威嚇,種種情況讓留駐人員面臨不穩定因素,推展港台在各領域交流的空間也在此陰影下日漸收窄。因此,香港特區政府決定暫時關閉經貿文辦,而所有香港人員也都已經離台返港。
香港在台辦事處是依據台港2011年互設辦事處共識而成立的。但是,近年來隨著香港一國兩制的破毀,香港民眾爭取民主自由的抗爭運動受到打壓,台灣政府與民眾聲援香港抗爭自然而然的發生,也有很多的香港民眾到台灣來定居和尋求協助,因府也成立了專門的機構「台港服務交流辦公室」提供援助。這就是香港特區政府決定關閉駐台辦事處的主要原因。
在這樣的脈絡下,台灣駐香港的機構,「臺北經濟文化辦事處」,從2018年6月,新任的處長盧長水先生,因為香港特區政府拒發工作簽證,未能達任。到2020年也有多位組長由於同樣的原因無法獲得續簽簽證而返台。面對政治困境,陸委會表示台灣不會因此撤館,將堅守到最後一刻。今年5月10日,陸委會副主委邱垂正回覆立委查詢時表示駐港辦事處只剩8名駐港人員,另有55名香港僱員,已經啟動代理機制,若相關人員仍無法獲得簽證可能將營運至年底為止。