Tras una larga migración de varios miles de kilómetros procedentes de África subsahariana suelen llegar a la Península en el mes de febrero, aunque la mayor parte de las parejas se establecen en sus territorios ibéricos a partir de los meses de marzo y abril. Dichos territorios están asociados tanto a zonas arboladas como a riscos en sierras y roquedos más o menos próximos a manchas de agua capaces de suministrar suficiente alimento. Separada del resto de la población europea, la población reproductora de cigüeña negra en España, se reparte por trece provincias del cuadrante suroccidental. Ya en 1990 el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas incluía a esta ave como especie "En Peligro de Extinción". En Portugal, se catalogaba en peligro, y en el Atlas de las Aves Reproductoras de España de 2003 se la consideraba como "Vulnerable". A pesar de haber rebajado el nivel de riesgo que corre la especie, los factores que han contribuido de manera histórica a amenazar la población de cigüeña negra ibérica siguen siendo los mismos. En la actualidad la población de la cigüeña negra en la Península Ibérica se encuentra en franca recuperación. Durante los últimos quince años ha colonizado nuevos territorios, especialmente hacia el centro-este peninsular y centro de Portugal. Aunque se ha duplicado con creces la población de parejas reproductoras desde el censo de 1987, donde se estimaron 175 parejas respecto a las 387 en 2004, este aumento debe interpretarse con cierta cautela.