Matéria orgânica pode ser definida como todo material (contendo carbono) vivo ou morto presente na superfície, ou incorporado ao solo, nos mais diferentes estágios de decomposição. A matéria orgânica morta, referida acima, corresponde aos restos mortais (resíduos) de quaisquer vegetais, animais e organismos do solo. Resíduos estes nos mais variados estágios de decomposição, como folhas completamente identificáveis, resíduos já não identificáveis e o húmus.
A matéria orgânica viva compreende os microorganismos vivos, também conhecidos como biomassa microbiana do solo, que são primordiais para a decomposição da matéria orgânica. Vale destacar que a biomassa microbiana participa ativamente das reações do solo, como a mineralização. A mineralização compreende a transformação dos nutrientes que estão na matéria orgânica (na forma de proteínas, lipídios, etc.) para formas minerais assimiláveis pelas plantas.