Sor Lucía la única testigo de las apariciones sobrevivió a los otros dos pastorcitos, entró como religiosa en el Carmelo Descalzo y durante toda su vida tuvo varias apariciones en distintos momentos de su vida. 

Jacinta Marto murió con tan solo 9 años tan solo un año después que su hermano Francisco, en los meses posteriores a las apariciones Jacinta estaba muy preocupada por la visión que tuvo del infierno que le marcó hondamente y que le hubiese gustado que la Virgen hubiese mostrado a mayor número de gente. Al igual que a su hermano, Jacinta enfermó por la gripe española de 1918 que sumado a una pleuritis hizo que falleciera en Lisboa el 20 de febrero de 1920.

Las palabras del ángel en su tercera aparición hicieron profunda impresión en la vida del pastorcito quien trataba solamente en pensar en consolar al Señor y a la Virgen, Francisco decía: ¿Cómo es Dios? No lo podemos decir, pero que pena que él esté tan triste. Pasó sus últimos días pensando en esa tristeza del Señor y en la manera de que pudiera ser consolado.

Sábado 13 de octubre de 1917, bajo una lluvia torrencial miles de personas acompañaban esta vez a los tres pastores y al llegar a Cova de Iria la gente cerró sus paraguas para rezar el Rosario, en esto la Virgen vuelve a aparecer haciendo varias peticiones; que se siga rezando el Rosario todos los días y que construyan un oratorio a ella a la Virgen del Rosario.

«Y abriendo las manos –añadió Lucia–, las hizo reverberar en el sol, y según se iba elevando, continuaba proyectando en el sol el reflejo de su propia luz. Mi intención no era llamar la atención del pueblo, pues ni siquiera me daba cuenta de su presencia. Lo hice llevada de un impulso interior que me movió a ello».

La multitud contempló, absorta, el prodigio. El cielo se abrió, cesando la lluvia de inmediato y deshaciéndose las nubes. De repente, el sol empezó a girar sobre sí mismo, como si fuera una rueda de fuego, mientras diseminaba por todas direcciones resplandores amarillos, verdes, rojos o azules. Minutos después, el sol se detuvo para reanudar poco después su increíble danza, como si fuese a desprenderse del firmamento y a precipitarse sobre el gentío. Presos del pánico, algunos cayeron de rodillas para rezar o gritar hasta enronquecer sus gargantas.

Jueves 13 de septiembre de 1917; los pastorcitos volvían como cada mes a Cova de Iria acompañados de miles de personas que apenas les dejaban andar, todos querían ver a los pastores y a Nuestra Señora.

Cuando terminaron de rezar el rosario en Cova de Iria, Nuestra Señora se apareció, la Virgen les pidió que siguieran rezando el rosario para conseguir el fin de la guerra y les promete que en octubre hará el milagro que tanto desea el pueblo.

19 de agosto de 1917, los pastorcitos días después de haber sido arrestados por el Administrador de Ourém para revelar los secretos de la Virgen sin soltar una sola palabra volvieron a ver a la Virgen sobre la encina. Lucía le pregunta que hacer con los donativos que las personas dan, y la Virgen les pide que construyan una capilla y la Virgen les pidió que siguieran rezando todos los días y acudiendo cada día 13, y que el último mes obrara el milagro que tanto ansían.

Viernes 13 de julio de 1917. Estando los tres pastores esperando a la Virgen en Cova de Iria junto con unas 4.000 personas  que estaban rezando el Rosario con ellos, se vuelve a aparecer la Virgen sobre la encina. 

Al aparecerse, Lucía, le pide a la Virgen que les diga quien es y si puede hacer un milagro, la Virgen le pide que sigan acudiendo cada día 13 y en el mes de octubre verán el milagro. La Virgen les pide que se sacrifiquen por los pecadores y que digan la siguiente oración: Oh Jesús, esto es por amor a Ti, por la conversión de los pecadores, y en reparación por las ofensas cometidas contra el Inmaculado Corazón de María; acto seguido abrió sus manos y unos rayos de luz les rodearon mostrándoles el infierno; ésta visión del infierno se considera como el Primer Misterio de Fátima.

Miércoles 13 de junio de 1917; después de rezar el Rosario con unas 50 personas vieron otra vez a Nuestra Señora sobre la encina; la Virgen les pide que sigan acudiendo el día 13 que no dejen de rezar el Rosario y que aprendan a leer; también les hace saber que pronto se llevará al cielo a Jacinta y a Francisco y que Lucía vivirá para que de a conocer el Inmaculado corazón de la Virgen María.

Esta sería también la primera vez que verían un corazón rodeado de espinas, el corazón Inmaculado de la Virgen María.

Domingo de 13 de mayo de 1917; los tres pastorcitos mientras trabajaban vieron una luz como un relámpago que pensaron que era el inicio de una tormenta y mientras bajaban por la colina sobre una encina vieron a Nuestra Señora, la Señora les dijo que no tuvieran miedo y que acudieran a ese mismo lugar seis meses seguidos a la misma hora y pasado ese tiempo les dirá quien es; les pidió también que rezaran el Rosario todos los días para alcanzar la paz del mundo y el fin de la guerra.

En esta tercera aparición los pastorcitos ven al Ángel de Portugal portar un cáliz y sobre dicho cáliz en el aire una hostia de la que se derramaban unas gotas de sangre que caían en el cáliz; el Ángel repitió hasta tres veces la siguiente oración:

Santísima Trinidad, Padre, Hijo y Espíritu Santo, te adoro profundamente, y te ofrezco el precioso cuerpo, la sangre, el alma y la divinidad de Jesucristo, presente en todos los tabernáculos del mundo, en reparación de los sufragios, sacrilegios e indiferencia por medio de las cuales Él es ofendido. Y por los méritos infinitos de su Sagrado Corazón y por el Inmaculado Corazón de María, pido humildemente por la conversión de los pobres pecadores.

Dándole el contenido del cáliz a Jacinta y Francisco y la hostia a Lucia; de esta manera les preparó a la primera aparición de la Virgen de Fátima