加上塞外严寒，慕容宝不得不决定撤退。拓跋珪先派堂弟拓跋遵带领骑兵七万，堵塞燕军南归之路。自己带了精骑二万，乘河冰新合，渡河追蹑燕军。十一月九日，燕军宿营参合陂(今内蒙古凉城西北五十里石匣子沟)东，当天黄昏，拓跋珪的骑兵追蹑到参合陂西。拓跋珪乘夜部勒诸军，准备凌晨掩击燕军，士卒衔枚潜进。十日清晨，魏军登山，下临燕营。燕军将东引，忽见山上敌兵，士卒惊扰，乱不成军。拓跋珪纵兵奋击，燕兵赴水逃命，人马自相腾蹑，压死溺死的成千上万。拓跋遵带领的七万骑兵又在前邀击，燕军四五万人，纷纷放下兵器，束手就擒，生还的不过几千人。魏军还俘虏了后燕文武将吏数千人，缴获了兵器、衣甲、粮货无数。拓跋珪把俘虏到的后燕士兵四五万人全部坑杀。慕容宝、慕容麟等单骑逃回。
慕容宝回到中山之后，不甘心失败，请求慕容垂再次出兵伐魏。慕容垂的弟弟范阳王慕容德也劝慕容垂趁自己健在时亲征，以免遗留后患。慕容垂接受了他们的意见。公元396年三月，慕容垂留慕容德守中山，亲率大军越过广昌岭(在今河北易县、满城之间，俗名五回岭)，凿山通道，直指平城(在今山西大同市东北)。北魏陈留公拓跋虔率部落三万余家镇守平城，出战败死，燕军尽收其部落。魏主拓跋珪退保阴山。慕容垂经过参合陂的时候，见去年交战处，积骸如山，军士恸哭，声震山谷。慕容垂这时已经七十一岁了，本来有病，经不起劳累加刺激，病情更加沉重，改乘马舆，急急忙忙退兵。四月，燕军回到沮阳(今河北怀来南)，垂即病死。慕容垂这次北伐，并没有能够挽回后燕军事上的颓势。此后，拓跋珪就挟其三四十万骑兵，长驱进入中原了。
后燕和前燕一样，不采用胡汉分治政策。但是也暴露了一个重大问题，即他们所占领的地区，是封建经济比较发展的地区，鲜卑贵族和汉世家大族荫庇了大量民户，这种户口的分割，使后燕的财政收入，大为减少。慕容垂死，慕容宝继位，遵照慕容垂遗令:“定士族旧籍，分辨清浊。校阅户口，罢军营封荫之户，悉属郡县。”(《资治通鉴》晋孝武帝太元二十一年)“法峻政严。”(<《晋书·慕容宝载记》)不但鲜卑贵族和汉世家大族由于丧失大量荫户而心怀不满，就是汉族农民也因官家的租调和力役苛重，情愿充当荫户，而不愿充当编户齐民，因此这次户口的搜括，反而造成了“士民嗟怨”，“百姓思乱者十室而九”的严重政治局面。
在后燕，全国最重要的战略据点和政治中心有五处，一是都城中山，二是慕容�时旧都龙城(今辽宁朝阳)，三是前燕旧都邺城，四是并州刺史的治所晋阳，五是幽州刺史的治所蓟(今北京市西南)。公元396年的八九月间，北魏拓跋珪率领了步骑四十余万，趁并州早霜，饥荒乏食的时机，轻易地攻取晋阳。十一月，兵锋转向河北，很快就攻下常山(郡治真定，今河北正定南)、信都(郡治信都，今河北冀州)，河北许多郡县的守宰，不逃即降。这时慕容宝在中山有步卒十二万，骑兵三万七千，悉数出拒魏军，大败而还。魏军进围中山，到了公元397年的三月，慕容宝率领一万余骑，冲出重围，退往龙城。中山便在这年十月被拓跋珪攻下，后燕公卿将吏及士卒投降北魏的有二万多人。
公元398年，慕容宝在龙城为鲜卑贵族兰汗所杀。汗自称大将军、大单于、昌黎王。慕容宝子慕容盛是兰汗的女婿，又杀汗自立。慕容盛“峻极威刑”，宗亲、勋旧多被诛杀，人人自危。慕容盛因此为其臣下段玑等所杀。鲜卑贵族拥立慕容垂少子慕容熙为主，诛段玑等。慕容盛曾“立燕台，统诸部杂夷”(《资治通鉴》晋安帝隆安四年)。慕容熙即位后，“改北燕台为大单于台，置左右辅，位次尚书”(《晋书·慕容熙载记》)。说明后燕迁到龙城以后，也实行了胡汉分治政策，比起前燕和后燕慕容垂、慕容宝统治时期的胡汉不分治政策来，反而后退了一步。慕容熙据有辽西地区，境域狭隘，民户不多，可是他却大兴土木，“筑龙腾苑，广袤十余里，役徒二万人。起景云山于苑内，基广五百步，峰高十七丈。又起逍遥宫、甘露殿，连房数百，观阁相交。凿天河渠，引水人宫”。又“凿曲光海、清凉池。季夏盛暑，士卒不得休息，喝死者太半”。又“拟邺之凤阳门，作弘光门，累级三层”。为昭仪苻氏“起承华殿，高承光[殿]一倍。负土于北门，土与谷同价”(《晋书·慕容熙载记》)。这样无休止地兴建极华丽的宫苑殿阁，给辽西各族人民带来了无穷的灾难。公元407年，慕容熙的昭仪苻氏病死，熙命令公卿以下至兵民，家家都去营造陵墓，陵墓规模宏大，周围数里。苻氏的灵柩下葬时，慕容熙亲自出城送葬。龙城的将吏推高云为主，拒绝慕容熙回城。慕容熙逃人龙腾苑，被杀。后燕亡。自公元384年慕容垂称燕王，到公元407年慕容熙被杀，立国凡二十四年。
高云是高句丽的王族，仕于后燕，侍卫慕容宝有功，宝收为养子，赐姓慕容氏。慕容熙荒淫无道，冯跋等拥立高云为燕天王，复姓高氏。高云自以为“无功德而为豪杰所推”，老是怕人推翻他。他蓄养了许多壮士，令宠臣离班、桃仁等“专典禁卫，委之以爪牙之任，赏赐月至数千万，衣食卧起皆与之同”(《晋书·慕容云载记》)。可是他们贪得无厌，到了公元409年，还是把高云杀害了。
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