למחלוקת בין רבי נתן לחכמים בשאלה האם שחיטת חולין צריכה כוונה יש השלכות במקרה של מי ששוחט בהמה נוספת תוך כדי שחיטת פרה אדומה (עוסק במלאכה אחרת). אם שחיטה אינה צריכה כוונה, הרי שחתיכת סימני הבהמה השנייה נחשבת כמעשה שחיטה גמור, וממילא הפרה האדומה נפסלת משום שנעשתה בה מלאכה אחרת בשעתה. לעומת זאת, אם שחיטה צריכה כוונה, השחיטה שנעשתה ללא מתכוון אינה נחשבת למעשה כלל, והפרה האדומה נותרת בכשרותה.

המשנה עוברת לעסוק בפסולי שחיטה, ופותחת בדין שהייה, המתרחשת כאשר השוחט שוהה וממתין בין שחיטת סימן אחד למשנהו. נידונה מחלוקת תנאים לגבי שיעור הזמן הפוסל משום שהייה, האם הוא כדי מעשה שחיטה או כדי ביקור הסכין (בדיקתה). הגמרא מביאה כמה דעות אמוראים להגדרת שיעור זמן שחיטה, כאשר רב קובע כי מדובר בזמן הדרוש לשחיטת בהמה אחרת, ואילו רב ושמואל נחלקו האם שיעור השהייה הפוסל בעוף נמדד כזמן שחיטת בהמה או כזמן שחיטת עוף. דעות נוספות מרחיבות שיעור זה וכוללות בו את הזמן הנצרך לטיפול הפיזי בבהמה, כגון הזמן שלוקח להוריד אותה על גבי הקרקע או להגביהה ולהניחה.

בהמשך לכך, המשנה מפרטת את הפסולים של עיקור (קריעת הסימנים במקום חיתוכם) וחלדה (החדרת הסכין מתחת לסימנים או מאחוריהם). ליקויים אלו במעשה השחיטה מעוררים מחלוקת תנאים בין רבי ישבב לרבי עקיבא בשאלה האם בהמות שנפסלו מחמת שחיטה לא ראויה, כגון שהייה, חלדה או עיקור, נידונות כטריפה ואינן מטמאות, או שמא הן נידונות כנבילה ומטמאות במשא. בסופו של דבר, הגמרא מציינת כי רבי עקיבא חזר בו מהבנתו המקורית והסכים עם רבי ישבב שדינן של בהמות אלו הוא כנבילה לכל דבר.

עולה סתירה לדברי המשנה מתוך המשנה בתחילת הפרק השלישי המונה קנה שנפסק (גרגרת שנפסקה) ברשימת המומים המגדירים את הבהמה כטריפה, דבר הסותר לכאורה את קביעת משנתנו לפיה פגם כזה נחשב כנבילה. כדי ליישב סתירה זו, הגמרא מציעה ארבעה תירוצים אפשריים, כאשר שניים מהם נדחים בסופו של דבר.