Ve svém výzkumu se zaměřuje na biologickou evoluci, zejména v oblastech etologie, evoluční parazitologie a evoluční psychologie. „Vždycky jsem dělal, co mě bavilo a ono se to začalo hezky propojovat. Ukazuje se, že ve světě souvisí všechno se vším,” říká Jaroslav Flegr, který byl hostem Interview Martina Kováře.