九月十六日凌晨，大雨如注。暴雨中的紫禁城，仍在进行全面搜捕工作。在五凤楼、南薰殿、御书处假山石头缝里等地方，陆续搜出了藏匿的天理教教徒。最终清点之下，在皇城里连俘虏带击毙的，一共有七十二人。就这几十号人，差点打进紫禁城内廷，也算是千古奇闻了。

九月十七日，回京的皇帝一行抵达燕郊行宫后，嘉庆将用一夜没睡好换来的《罪己昭》颁布天下。在《罪己诏》中，嘉庆十分委屈地说，自己做皇帝这么些年，既不残暴，也不昏庸，怎么会突发这样的事呢？实在不理解。反正千错万错，还是皇帝的错，都怪我好了。然而“变起一时，积祸有日”，都是因为你们这帮孙子因循守旧、松懈怠政、只知“因循怠玩”，才酿出这么丢人的事！