La Santa Inquisición era una institución eclesiástica y solo podía actuar ante los bautizados, es decir, cristianos, moriscos (musulmanes que se habían convertido al catolicismo) y judíos conversos (judíos que habían sido bautizados, abrazando así el Catolicismo). En ningún caso actuaría sobre musulmanes ni judíos, al menos hasta que fueron obligados a convertirse al Catolicismo: los judíos en 1492, fecha en la que fueron obligados a convertirse o a marcharse, so pena de muerte si desobedecían.