Lisans derecesini Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Öğretmenliği programından alan Doç. Dr. Akaygün, 12 yıl kimya ve fen bilgisi öğretmeni olarak görev yapmıştır. 2000 yılında Boğaziçi Üniversitesi’nden Fen Bilimleri Eğitimi alanında yüksek lisans, 2008 yılında Kuzey Kolorado Üniversitesi’nden kimya alanında yüksek lisans, 2009 yılında aynı üniversiteden kimya eğitimi alanında doktora derecelerini almıştır. 2010 yılından bu yana Boğaziçi Üniversitesi’nde görev yapmaktadır. Araştırma alanları arasında kimya eğitiminde görselleştirme, nanoteknoloji eğitimi ve STEM (Science, Technology, Engineering, Mathematics) eğitimi bulunan Doç. Dr. Akaygün, bu konularda ulusal ve uluslararası projeler yürütmekte ve hizmet-içi eğitimler vermektedir.