Pierwsze wystąpienie Kopernika w sprawach publicznych Prus przyszło mu wygłosić w Malborku. W zachowanym do dziś ratuszu Mikołaj był w styczniu 1504 roku. Oczywiście nie sam, a w towarzystwie swojego wuja biskupa Łukasza Watzenrodego. Później Kopernik sam pełnił rolę posła Sejmiku Warmińskiego. Był też kanclerzem, a nawet administratorem generalnym, czyli zastępcą biskupa.