Mayka y Alicia, con la ayuda de Mariano desde la realidad B, planean robar la esfera que Dionisio tiene en su poder durante un impresionante acto que tendrá lugar en el templo del Circulus Dei. Una ceremonia que servirá para dar a conocer a la opinión pública la alianza imposible entre Dionisio y el Ministro, que creen que Mayka se encuentra fuera de juego. Lo que Mayka y los suyos no saben es que Dionisio pretende mostrar su esfera al mundo durante el acto, lo que hará que nuestros protagonistas lo tengan realmente difícil para acceder a la cripta donde este la esconde y llevársela ante los ojos de toda España.

Tras su detención en la estación espacial abandonada de Fresnedillas de la Oliva cuando trataban de resolver el enigma de la desaparición de Vicente, Mayka y Alicia se encuentran retenidas en la Audiencia Nacional por orden de Ramón Calderón. Mayka, cada vez más angustiada por encontrarse perdida en una realidad que no es la suya, se reúne con Dionisio y el Ministro para firmar un supuesto acuerdo amistoso que en realidad supondrá su destierro. Por su parte, Mariano intenta averiguar desde la realidad B todo lo posible sobre la segunda esfera que atesora Dionisio con el objetivo de ayudar a sus compañeras a hacerse con ella.

Después de la persecución y la embestida brutal de la policía, Mayka despierta en un hospital recién operada del bazo. Alicia está a su lado, intentando calmarla. ¿Dónde está Mariano? La habitación está custodiada y Mayka se encuentra esposada a la camilla. Se les acusa de terrorismo y conspiración contra el gobierno. ¿Y Mariano?

Tan pronto como se recuperen, Mayka y Alicia deben trazar un plan para escapar del gobierno y seguir recopilando información sobre lo que significa la esfera.

Mariano paga la fianza de Mayka y esta es liberada de comisaría. Se juntan con Alicia, la joven obsesionada con los extratarrestres que llevaba días persiguiendo a Mayka. Ella les cuenta su historia: cuando era pequeña su mejor amigo del pueblo fue abducido por una esfera. Desde entonces, lleva años años investigando y recopilando información sobre casos parecidos. También conoce a Dioniosio y confirma que en realidad es el líder de una secta que lleva años sumando adeptos y luchando por el poder. Mientras tanto, Dionisio y el Ministro tienen una primera cita. El profeta, de incansable ambición, ya ha reconocido a Mayka como principal enemiga, y tiene una proposición para el Ministro que no podrá rechazar.

Mayka y Mariano acuden a la gran concentración de apoyo a la Iglesia del Círculo convocada por Dionisio Cortés en la plaza de Colón. Tienen un objetivo muy claro: averiguar quién es Dionisio y si alguna vez ha tenido acceso a alguna esfera. La

convocatoria ha sido un éxito y cientos de miles de personas se han unido para celebrar Círculus Dei y protestar por la nueva ley del Ministro. Mientras tanto, este planea disolver la concentración y orquesta el operativo policial en contra de la opinión de Gutiérrez, su jefe de gabinete, que cree que puede suponer una masacre. La plaza de Colón se convierte en un cóctel explosivo mientras Mayka y Mariano presionan a Dionisio para conocer la verdad.

Mayka despierta en el hospital y ata cabos. Al tocar la esfera, no ha vuelto a la primera realidad, sino a otra distinta. De la realidad A, pasó a la B, donde Pablo seguía vivo, y de la B, ha pasado a la C, muy parecida a la original, pero ligeramente diferente. ¿Por qué? A la vez que trata de desentrañar el imposible puzzle de dimensiones junto a Mariano, empieza a despertar en ella una extraña necesidad: la de volver a tocar la esfera. ¿Cómo encontrar una si las que ya ha tocado han desaparecido? El ministro decide prohibir el culto a los extraterrestres encarnado en Dionisio Cortés, un nuevo profeta que ha ganado reconocimiento gracias al regreso de Mayka. La nueva ley desata una ola de indignación entre el pueblo, y a la vez despierta el interés de Mayka y Mariano por Dionisio.

Ricardo Lacasa contextualiza todo lo que sabemos hasta el momento sobre La Esfera y sus protagonistas: Mayka Navarro y Mariano Leal. 

Todo apunta a que Mayka ha vuelto a su primera realidad. Tras haber tocado la esfera recuerda perfectamente todo lo vivido, pero el tiempo ha pasado y las cosas no están como ella las ha dejado. El Ministro Calderón ha sacado rédito al encuentro con la esfera y ha convertido a los extraterrestres en el principal enemigo de la democracia. El ambiente en la calle está polarizado entre los que temen una invasión alienígena, y los que la esperan con los brazos abiertos. El Ministro teme que el regreso de Mayka, que aún tiene que entender qué está haciendo en ella la esfera, estropee su plan maquiavélico.

La nueva temporada arranca donde terminó la primera: Mayka parece haber viajado al pasado e impedido que Pablo muriera en el atentado del narco. No recuerda nada de lo vivido. Por eso, cuando la psicóloga del cuerpo la vuelve a enviar a la UAD, no tiene ni idea lo que significa esa unidad. Sin embargo, Pablo ha recibido unos audios en su teléfono donde una Mayka que no reconoce le habla como si estuviera muerto y como si hubiera vivido cosas que todavía no ha vivido. Es la Mayka que nosotros sí conocemos. Al escuchar estos audios, algo despierta en la nueva Mayka. Una inquietud, un deseo de entender. Mientras Pablo se lo toma como una chaladura de su pareja, Mayka intentará resolver el misterio y acudirá a su primera cita en la UAD. El encuentro descolocará por completo a un Mariano que todavía no conoce a nuestra Mayka. Ambos se enfrentarán a un misterioso puzzle que tendrán que desentrañar en la nueva temporada de La esfera.

El ministro del Interior comparece para anunciar lo que ya es un secreto a voces: en nuestro espacio aéreo sobrevuelan OVNIS. El Ejército se prepara para realizar una maniobra militar para salvaguardar la seguridad nacional.