1577年，即明神宗萬曆五年，利瑪竇獲得耶穌會批准，前赴東方傳教。次年，1578年3月24日，利瑪竇從葡萄牙里斯本啟航，乘塔武裝商船，與另外十四位耶穌會士開始踏上出東方航路。商船沿著非洲西岸南下，然後繞過非洲最南端的好望角，折向北行，到達非洲東岸的葡萄牙殖民地莫桑比克，再向東到達印度半島西南岸的另一個殖民地果亞（Goa），歷時六個月，9月13日在果阿登岸。這條東方航路是九十年前由葡萄牙航海家所開闢。1487年8月，廸亞士（Bartolomeu Dias；1451年—1500年）船長奉葡萄牙國王之命，率領一支由3艘船組成的船隊離開里斯本，前往探尋一條繞過非洲大陸到達印度的貿易航線。1487年12月，船隊到達最後一個歐洲人已知非洲海灣孔塞桑灣（現在納米比亞的鯨灣），向未知的海域繼續航行。經過數日航程，到達一處海角，遇到暴風雨，被風暴吹向南，遠離海岸線。風暴結束後，船隊向東航行，卻無法找到原本南北走向的非洲大陸海岸，於是船隊轉向北航行，1488年2月3日，海岸線再次出現，因此迪亞士確認已繞過非洲大陸南端的全部海岸，但船員不肯前行，返回里斯本向國王報告發現了非洲南端。這個廸亞士遭遇暴風的海角，後來稱為「好望角」。十年之後，另一位葡萄牙航海家瓦斯科·達·伽馬（Vasco da Gama，1469年—1524年）率領船隊，沿着廸亞士所發現的好望角航線，繼續前行，橫過印度洋，1498年在印度半島西南岸的港口果亞（Goa，又譯臥亞，今印度果阿邦），1510年，葡萄牙以武力奪取果亞舊城，將果阿建設成殖民地及海軍基地。果阿亦成為天主教在東方傳教的重要基地。十一年之後，1511年8月24日，葡萄牙駐果亞的印度總督率領艦隊，攻陷馬來半島西岸，控制馬六甲海的戰略重鎮馬六甲城。馬六甲成為葡萄牙向東擴張的戰略基地。馬六甲原本是獨立的邦國，明朝稱為滿刺加，鄭和下西洋時，派使者隨鄭和航隊赴北京朝貢，成為明朝藩屬國。葡萄牙人驅逐馬六甲末代蘇丹（國王），並冒認滿刺加往中國朝貢，希望打通中國貿易。1513年（明正德七年）夏，葡萄牙武裝商船首次抵達廣東沿岸，但被廣東官府拒絕登陸。其後，佔據珠口的外伶仃島，宣稱屬於葡萄牙領地，還在附近的屯門（即香港屯門海口，現已填海）設置了葡萄牙人居留地。正德十六年（1521年）廣東海道副使汪鋐率水師圍攻屯門，驅逐葡萄牙人（茜草灣之戰）。葡萄牙船艦在珠江口一帶尋求新立足點，嘉靖十四年（1535年），葡萄牙人賄賂廣東地方官吏，取得在香山澳（今澳門半島）停靠船舶及進行貿易的權利。嘉靖三十二年（1553年），又貨物被水漬為理由，登岸「借地曬貨」，乘機在岸上建房舍，嘉靖三十六年（1557年）起已在澳門定居。嘉靖三十九年（1560年），居澳葡人已選出地方首領、法官和四名商人代表，形成了管理機構。據稱，葡人除向明朝廣東市舶司繳納船稅外，爲鞏固其在澳門的地位，每年賄賂廣東海道副使五百兩白銀。萬曆十一年（1583年），成立澳門議事會。明朝亦在澳門設置香山縣丞（香山縣即今中山市，縣治在石岐），駐半島北部，管治澳門。嘉靖四十二年（1563年）葡萄牙首次向澳門派出耶穌會傳教士。隆慶二年（1568年）1月23日，耶穌會士賈耐勞（D. Belchior Carneiro Leitão ，1516年—1583年，仁慈堂創辦人）被葡萄牙國王任命為天主教澳門教區第一任主教，澳門成為天主教在遠東的傳播中心。利瑪竇在果阿傳教四年，1580年晉升為神父，1581年（明萬曆九年），在澳門的羅明堅神父（Michele Ruggieri，1543年—1607年）向耶穌會東方總巡察使范禮安（Alessandro Valignano，1539年2月15日—1606）舉薦了利瑪竇。次年（萬曆十年，1582年）利瑪竇應召前往中國，8月7日到達澳門，展開他的中國傳教生涯。