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这份研究介绍了一个名为人类内胚层源类器官细胞图谱 (HEOCA) 的大规模单细胞转录组数据库。研究团队整合了来自55项研究的近一百万个细胞数据，涵盖了肠道、肺和肝脏等九种不同的人类器官模型。通过跨数据集的标准化分析，该研究详细比较了由多能干细胞、胎儿干细胞及成人干细胞培育出的类器官在细胞组成和成熟度上的差异。研究证明，该图谱可作为评估实验方案保真度的标准参考，帮助识别类器官中的脱靶细胞。此外，作者利用该工具包成功分析了病毒感染、炎症反应以及结直肠癌等病理状态下的细胞变化。总之，这一集成资源为优化类器官培养技术和建立更精准的人类疾病模型提供了重要的计算框架与数据支持。

References:

• Xu Q, Halle L, Hediyeh-Zadeh S, et al. An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids[J]. Nature genetics, 2025, 57(5): 1201-1212.

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这项发表在《Nature Immunology》的研究揭示了血管驻留巨噬细胞（VRMs）在保护生物体免受腹主动脉瘤（AAA）侵害中的关键作用。研究发现，分布在血管外膜的 Lyve1+ 巨噬细胞能够分泌一种名为 Sparcl1（Sc1） 的胞外基质蛋白，通过其钙结合结构域捕捉并抑制生长因子 FGF2。如果这种蛋白缺失，受损的信号通路会导致功能障碍性淋巴管生成，进而引发三级淋巴结构（TLSs）的形成，从而加速动脉瘤的恶化。实验证明，缺乏 Sc1 会显著降低存活率并增加血管破裂风险，而使用源自 Sc1 的合成肽 Spa17 进行干预，能有效缓解实验模型的病变进展。该发现不仅阐明了免疫微环境维持血管稳态的分子机制，还为开发治疗腹主动脉瘤的非侵入性药物提供了极具潜力的新方向。

References:

• Chen M H, Hua Y J, Li Y, et al. Sparcl1 mitigates abdominal aortic aneurysm through inhibiting lymphangiogenesis-mediated TLS formation[J]. Nature Immunology, 2026: 1-12.

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这篇综述深入探讨了肿瘤微环境（TME）与宏环境（TMaE）中神经、免疫与代谢系统的三方协同演变。文章详细分析了外周神经系统（包括交感、副交感及感觉神经）如何通过释放神经递质，直接重塑癌细胞代谢并调控免疫细胞功能。在宏观层面，研究强调了大脑与身体的相互作用，揭示了肿瘤如何利用神经环路诱发全身性代谢紊乱（如癌症恶病质）并抑制抗肿瘤免疫。此外，神经纤维还被视为肿瘤与远程器官之间通信的桥梁，促进了癌症的系统性进展。最后，作者提出将神经调节与传统疗法相结合，为开发临床肿瘤治疗新策略提供了前瞻性视角。

References:

• Zhang Y, Zhuang W, Zhu H, et al. Neuroimmunometabolic co-evolution in the tumor micro-and macroenvironment[J]. Cell Metabolism, 2026.

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这项研究介绍了一款名为 GASTON 的无监督深度学习算法，旨在解决空间转录组学数据稀疏且难以建模的问题。该工具通过引入 “等深线”（isodepth） 这一核心概念，为组织切片构建类似于地形图的坐标系统，从而同时识别离散的空间域和连续的基因表达梯度。GASTON 能够精确描绘细胞类型的空间分布，并揭示神经发育、肿瘤微环境以及免疫活动中复杂的生物学动态。相比于传统方法，它在捕捉组织结构的几何连续性和空间相干性方面表现出更优越的性能。研究证明，该模型在多种空间转录组技术平台上均具有极高的适用性与可解释性。

References:

• Chitra U, Arnold B J, Sarkar H, et al. Mapping the topography of spatial gene expression with interpretable deep learning[J]. Nature Methods, 2025, 22(2): 298-309.

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这份研究通过单细胞表征技术深入分析了成年人类中枢神经系统的表观遗传图谱。科学家们揭示了神经胶质细胞，特别是少突胶质细胞，如何在成年期保留胚胎发育阶段的遗传记忆。这种记忆虽然不直接导致高水平的基因表达，但使相关染色质处于预启动状态。这种特殊的表观遗传机制一方面赋予了细胞在组织再生时快速激活功能的能力，另一方面也可能诱发胶质瘤的产生。该研究通过高分辨率技术，为理解人类大脑健康、发育障碍及癌症建模提供了宝贵的资源数据。

References:

• Kabbe M, Agirre E, Carlström K E, et al. Single-nucleus epigenomic profiling of the adult human central nervous system unveils epigenetic memory of developmental programs[J]. Nature Neuroscience, 2026: 1-15.

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本文介绍了一种名为 scHiCAR 的多模态单细胞测序新技术，旨在同时捕捉单细胞中的转录组、表观基因组和三维基因组信息。该方法利用板式组合条形码技术，能够高效且低成本地分析数百万个细胞，尤其擅长捕捉与顺式调节元件（CREs）相关的长距离染色质相互作用。研究人员将此技术应用于小鼠大脑及骨骼肌等复杂组织，成功绘制了高分辨率的基因调节图谱。为了辅助数据分析，团队还开发了基于深度的学习算法 scDeepLUCIA，即使在细胞数量较少的情况下也能精准识别染色质环。总之，scHiCAR 为研究复杂组织中细胞异质性及其基因表达的结构调控提供了强有力的工具。

References:

• Wei X, Xu Y, Yang D, et al. Trimodal single-cell profiling of transcriptome, epigenome and 3D genome in complex tissues with scHiCAR[J]. Nature biotechnology, 2026: 1-16.

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这篇研究报告了一种自体工程化食道的构建策略，旨在解决大段食道缺损修复中肌肉再生难和依赖支架的临床挑战。研究人员通过将自体生肌前体细胞与成纤维细胞微注射至去细胞化的猪食道支架中，并利用生物反应器预诱导促血管生成表型。通过对小型猪模型进行胸腔置换手术，实验证明该移植物在无免疫抑制的情况下实现了功能性整合。随后的多模态分析证实，移植物在六个月内逐渐恢复了原生组织结构，并展现出关键的神经肌肉再生与蠕动功能。这一创新方法为治疗包括先天性食道闭锁在内的严重食道病变提供了极具前景的临床转化方案。

References:

• Durkin N, Hall G T, Lutman R, et al. Functional integration of an autologous engineered esophagus in a large-animal model[J]. Nature Biotechnology, 2026: 1-14.

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这份研究介绍了一种名为空间 ATAC（spatial ATAC）的创新生物技术，旨在解决传统方法无法在高分辨率下同时获取组织空间信息与表观基因组数据的难题。该技术通过将转座酶可及染色体测序（ATAC-seq）与带有空间条形码的固体捕获平台相结合，实现了对组织切片中开放染色体区域的精准定位与分析。研究团队在小鼠胚胎发育过程和人类乳腺癌病理切片中验证了该方法的有效性，展示了其在识别调控基因表达的空间动力学方面的卓越能力。实验证明，空间 ATAC 能够揭示特定细胞谱系分化和疾病微环境中的非编码调控元件。此外，该方法可以与空间转录组学数据无缝整合，为构建完整的多组学组织图谱提供了强有力的工具。这种技术对于深入理解发育生物学机理以及优化基因治疗的目标选择具有重要的科学价值。

References:

• Llorens-Bobadilla E, Zamboni M, Marklund M, et al. Solid-phase capture and profiling of open chromatin by spatial ATAC[J]. Nature biotechnology, 2023, 41(8): 1085-1088.

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在这项研究中，科学家们开发出一种名为肌神经执行器（MNA）的新型生物混合系统，旨在解决植入式执行器易疲劳的技术难题。研究人员通过再生医学手段，将大鼠的运动神经去除并改用感觉神经重新支配骨骼肌，成功建立了功能性神经肌肉接头，并将肌肉控制权从中枢神经系统移交给计算机控制。由于感觉神经具有更均匀的轴突结构，这种新型执行器的耐疲劳性提升了260%，且能保持组织的自持续性。此外，该系统集成了闭环控制和可逆神经阻断技术，实现了精准调节且不会产生干扰性的神经反馈。这一框架在神经义肢界面和生物混合器官系统（如调节小肠机械运动）中展现了巨大的临床转化潜力，为修复人体功能开辟了新路径。

References:

• Song H, Herrera-Arcos G, Friedman G N, et al. A myoneural actuator with engineered biophysics for implantable biohybrid systems[J]. Nature Communications, 2026, 17(1): 2584.

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这项研究利用冷冻电子断层扫描技术，揭示了SPP1噬菌体在感染枯草芽孢杆菌后，如何通过重塑宿主细胞结构来协调病毒颗粒的组装。研究发现，感染会导致细胞内形成一个不含核糖体的病毒DNA区室，且病毒结构的初步构建始于细胞内膜上的前体。在门户蛋白gp6的引导下，初步组装的前衣壳会迁移至病毒DNA区室，随后在基因组封装过程中经历结构扩张。最终，充满DNA的衣壳移动到区室边缘，与预先组装好的尾部结合，形成完整的成熟病毒。这一发现揭示了噬菌体增殖过程在空间和时间上的高度有序性，为理解病毒与宿主相互作用提供了新的分子机制。

References:

• Corroyer-Dulmont S, Labarde A, Pražák V, et al. Subcellular reorganization upon phage infection reveals stepwise assembly of viral particles from membrane-associated precursors[J]. Nature Communications, 2026.

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