El Juicio Final fue censurado enseguida debido a las excesivas desnudeces consideradas obscenas e inadecuadas, hasta el punto de que el Concilio de Trento determinó su corrección. En 1564 se encargó a Daniele da Volterra y, a su muerte, a Girolamo da Fano y por último a Carnevale el trabajo. Las intervenciones censoras continuaron incluso en épocas sucesivas. Casi todas estas intervenciones, que son 42, han sido pintadas al temple, a excepción de dos: san Blas y santa Catalina, que se rehicieron al fresco después de haber borrado a golpes de cincel el original. La copia de Venusti conservada en Nápoles nos muestra cual era la versión original de estas dos figuras.
A Biagio da Cesena, maestro de ceremonias del papa, le parecía "muy indecoroso que se hubiesen pintado en un lugar tan respetable toda esa cantidad de desnudos, mostrando sin pudor sus vergüenzas, y que no era una obra propia de la capilla de un papa, sino para una sauna (stufe) o una hostería." Los stufe eran baños públicos donde se podía contratar los servicios de "señoritas de compañía". En definitiva, Biagio da Cesena le estaba llamando finamente a Miguel Ángel "pintor de burdel". ¿Y qué hizo Miguel Ángel? Vengarse de él retratándole de esta forma en su Juicio Final.
Miguel Ángel representa a Biagio como Minos, rey cretense que mandó construir un laberinto para encerrar al minotauro. Una vez muerto, Minos se convirtió en uno de los tres jueces del infierno. Dante le describe en su Divina Comedia como un ser monstruoso con una larguísima cola que utilizaba para indicar a los condenados a cuál de los nueve círculos del infierno estaban destinados. Por ejemplo, si Minos se enroscaba la cola a su cuerpo dando dos vueltas, como hace en la imagen de Miguel Ángel, el condenado debía quedarse en el segundo círculo del infierno. Y si la cola daba nueve vueltas, ya se podía ir preparando para un cara a cara con el mismísimo Satanás. La cola que describe Dante se convierte aquí en una serpiente, probablemente por asimilación con la de Adán y Eva. Para enojar un poco más a Biagio, Miguel Ángel le añadió unas orejas de burro para dejar bien patente su ignorancia.
La reacción de Biagio da Cesena al verse así retratado la conocemos gracias al humanista de la época, Lodovico Domenichi. Por lo que nos cuenta Lodovico, el papa Paulo III, que estaba hasta cansado de oír las quejas de su maestro de ceremonias (
ch'egli l'importunava pur tuttavia, dice literalmente), le contesta de esta forma:
"Biagio, usted sabe que Dios me ha dado potestad sobre el cielo y la tierra, pero mi autoridad no se extiende al infierno. Ya que no puedo liberarle, deberá tener paciencia". Pero la sorpresa saltó cuando se restauró el fresco del Juicio Final y se eliminaron muchos de los repintes que se habían hecho para censurar tanto "desnudo indecente". La figura del rey Minos sufrió una ligera transformación que no debió gustar nada a Biagio.