当刘裕北伐南燕，获得胜利的时候，卢循所领导的农民军，正从广州向江州(州治豫章，今江西南昌市) 推进。
仅有人能
卢循到了广州以后，在广州住了五年零四个月。农民军进行了休整补充，待机再起。在刘裕北伐南燕期间，徐道覆派人劝卢循乘虚袭取建康，卢循犹豫不决。徐道覆亲自到番禺对卢循说:“本住岭外......正以刘公(指刘裕)难与为敌故也。今刘裕] 方顿兵坚城之下，未有旋日。以此思归死士(指三吴旧部)，掩袭何无忌]、刘毅]之徒，如反掌耳。不乘此机.....若(裕]平齐(指南燕)之后，小息甲养众.......自率众至豫章，遣锐师过岭...... 恐必不能当也。今日之机，万不可失。”(《宋书·武帝纪》又说: “君若不同，便当率始兴之众，直指寻阳(今江西九江市西): (《晋书·卢循传》)卢循强同意了徐道程
徐道覆是一位坚定果敢的农民起义将领。 他攻取始兴之后，就派人到大庾岭一带斫伐大量船木，运至始兴(治曲江今广东韶关市)贱卖给居民，这时又依据原先的卖券收购船木，赶造船舰，积极准备北进。
公元410年二月，卢循和徐道覆在始兴会合，随后分兵两路，西路由卢循率领，从始兴攻下长沙，推进至巴陵(今湖南岳阳市)，准备攻取江陵；东路由徐道覆率领，破南康(郡治赣，今江西赣州市)，连下卢陵(郡治石阳，今江西吉水北)、豫章(郡治南昌， 今江西南昌市)，兵锋直指建康。农民军的战士，不是“三吴旧‘贼’，百战余勇”，便是“始兴溪子，拳捷善斗"(《资治通鉴》晋安帝义熙六年)，战斗力极强。东晋江州刺史何无忌自寻阳(今江西九江市西)引兵南下，抵御徐道覆。三月，何无忌战死于豫章。 刘裕得到消息，慌忙班师南归，自己只带几十个人，于四月间赶回建康。
卢循到达巴陵以后，接受徐道覆的建议，自巴陵浮江东下， 与道覆会师，集中力量攻取建康。于是两路农民军连旗东下。 东晋江、淮驻军纷纷入卫建康。豫州刺史刘毅率水军二万，从姑孰(今安徽当涂)溯江而上，阻击农民军。五月，农民军在长江中的桑落洲(在今江西九江市东北)大败晋兵，刘毅丢掉全部船只和辎重，带了几百人狼狈逃走。农民军接连打败北府兵重要将领何无忌和刘毅，声势大振。史称“战士十余万，舟车百里不绝”。“别有八槽船八枚(艘)，起四层，高十二丈。”(《宋书·武帝纪》)十多万大军乘胜直逼建康，进抵淮口(秦准河入江之口，在今江苏南京市西北)。
这时东晋方面，刘裕“北伐始还，士卒创，堪战者可数千人”。建康人心惶惶，“众议并欲迁都"(《宋书·王懿传》)。刘裕认为“若一旦迁动，便自土崩瓦解"(《宋书·武帝纪》),坚决不同意迁都。当农民军到达准口时，东晋政府宣布内外戒严，同时征发居民修筑防御工事，沿江置栅、筑垒。稍后江、淮入卫军队陆续开到，其中有一千多强悍的鲜卑骑兵，分兵守卫各个军事据点。农民军到这时候便丧失了“攻其无备，出其不意”(《孙子· 计篇》)的有利战机。
卢循在北上进军中，常处于被动地位。他开初不愿意出兵。 后在行军途中得悉刘裕已经回到建康，立刻大惊失色，竟想退还寻阳，再占领江陵，“据江、荆二州以抗朝廷”。经过徐道覆力争，“疑议多日”(《宋书·武帝纪》),卢循才同意继续进兵。这样，刘裕便赢得了周密部署的时间。
徐道覆曾经向卢循建议，水军从新亭(在今南京市西南)到白石垒(在今南京市西北)-线登陆，登陆后焚毁船舰，使士兵下决心死战，力争胜利。卢循认为徐道覆的建议太冒险，不是万全之计，而把战船停泊在蔡洲(在今南京市西南十二里大江中)，等待晋军自行“溃乱”。等到刘裕完成其防备部署后，卢循方才发动进攻，率兵与晋军相持于查浦(在今南京市清凉山南)，进至丹阳郡(在今南京市东南)，转攻京口等地，并无所得。刘裕则统率北府兵主力列阵于秦淮河南岸的南塘一带，坚壁不战。