בפרק ל”ח בספר התניא, האדמו”ר הזקן ממשיך לבאר את חשיבות הכוונה בקיום המצוות, בנוסף למעשה עצמו. הוא מדגיש שהמעשה הוא העיקר, אך הכוונה מעניקה למצווה את ה”נשמה” שלה, ומעלה אותה לדרגה רוחנית גבוהה יותר. 
הפרק משווה בין דרגות שונות של כוונה: 
1. אהבה ויראה שכליים: כאשר האדם מתבונן בגדולת ה’ ומוליד מתוכו אהבה ויראה המבוססות על הבנה והכרה. כוונה זו דומה לנשמת האדם המדבר, בעל השכל והבחירה. 
2. אהבה ויראה טבעיים: כאשר האדם מעורר את האהבה והיראה הטבעיות המסותרות בלבו, שהן ירושה מאבותינו. כוונה זו מושווית לנשמת בעלי החיים, הפועלים על פי טבעם ללא בחירה שכלית. 
האדמו”ר הזקן מסביר שהקב”ה מחיה ומהווה הן את הגוף והן את הנשמה, אך החיות הנמשכת לגוף היא בתהליך של צמצום והסתר, בעוד שהחיות לנשמה היא בגילוי רב יותר. כך גם במצוות: המעשה עצמו מושך אור אלוקי, אך הכוונה מגלה ומאירה את האור הזה בנפש האדם. 
לסיכום, בפרק זה מודגש הצורך בשילוב בין מעשה המצווה לכוונתה, כאשר הכוונה מעניקה למצווה את החיות והגילוי הרוחני, בעוד שהמעשה הוא הבסיס והעיקר.