A partir de 1384, le comté de Flandre s'inscrit dans l'histoire du duché de Bourgogne. À la mort du comte de Flandre Louis II de Male, sa fille, la comtesse Marguerite de Flandre, et son mari, Philippe le Hardi, duc de Bourgogne, héritent du comté de Flandre. Leur fils Jean sans Peur et à sa suite, Philippe le Bon, par mariages, confiscations ou héritages, élargissent leur domination sur un large territoire. Ils vont utiliser le livre au service de leur ambition.

La librairie de Bourgogne connaît, pendant près d'un demi-siècle, un grand prestige, tant pour les textes qu'elle contient que pour la splendeur de ses manuscrits. Elle n'est alors comparable à aucune autre bibliothèque princière au nord des Alpes : elle rassemble certes des manuscrits précieux, mais elle est aussi utilisée à des fins idéologiques et politiques. Elle sert d'outil de propagande à la gloire de la lignée ducale et reste le seul témoignage de cette ambition.

La mort de Charles le Téméraire en 1477 sous les murs de Nancy, qu'il tente de ravir au duc René II de Lorraine, met fin au rêve bourguignon. Le comté de Flandre passe dans la maison des Habsbourg par le mariage de sa fille Marie de Bourgogne avec Maximilien d'Autriche, tandis que Louis XI et la couronne de France retrouvent le duché de Bourgogne.