Entre 3000 a.C. y los comienzos de nuestra era muchos grupos adoptaron alguna forma de agricultura. Al comienzo debió de reducirse a cuidar o sembrar algunas plantas silvestres mientras obtenían la mayoría de las proteínas de la pesca y de los mariscos, como en la costa atlántica, o de la caza y la recolección de plantas silvestres. En algunos casos aprendieron a domesticar animales: hay indicios de que hacía 5000 a.C. había curíes y pavos domésticos en la sabana de Bogotá. En el Pacífico, alrededor de Tumaco, hubo otra área de expansión de la agricultura del maíz, de la que pudieron extenderse los cultivos a Calima, San Agustín y a las altiplanicies del sur.