רבי מאיר וחכמים נחלקים בשאלה האם מנחה יכולה להפוך לפיגול אם מחשבת הפיגול הייתה רק במהלך חלק מהמעשה המתיר (מכשירי הקרבן), כגון במהלך הקטרת הקומץ אך לא בזמן הקטרת הלבונה, או בשחיטת כבש אחד מתוך שני כבשי העצרת בשבועות. רבי מאיר סובר שזהו פיגול, בעוד שחכמים סוברים שלא.

רב ושמואל נחלקים בנוגע למחלוקת זו. רב סובר שאם הפעולה הראשונה כללה מחשבת פיגול בעוד הפעולה השנייה נעשתה בשתיקה, הרי זהו פיגול אפילו לדעת חכמים, שכן הפעולה השנייה הולכת אחר הראשונה ונחשבת כאילו נעשתה עם אותה מחשבה. שמואל חולק וסובר ששתיקה לאחר מחשבת פיגול אינה הופכת את הדבר לפיגול לדעת חכמים, המצריכים מחשבת פיגול בשתי הפעולות הנחשבות כמתיר.

שתי קושיות הועלו נגד עמדתו של רב משני מקורות שונים בתוספתא. הראשונה יושבה, אך השנייה יושבה רק באופן חלקי, כלומר לפי שיטה אחת במחלוקת אחרת.

שאלה הועלתה על התוספתא שצוטטה קודם לכן. אם אין עונש כרת במקרה של פיגול אלא אם כן שאר הקרבן הוקרב כהלכה, הרי שבמקרה של הקרבן ביום כיפור, אם הייתה לאדם מחשבת פיגול בזמן הזיית הדם הראשונה אך לא באלו שאחריה, כיצד יכול רבי מאיר לקרוא לזה פיגול? הרי ההזיות הבאות נחשבות כ"הזיית מים" גרידא, שכן הקרבן כבר נפסל משום שהזיית הדם המוקדמת אינה תקפה. רבה ורבא מספקים כל אחד פתרונות לבעיה זו.

אם הייתה לאדם מחשבת פיגול בזמן הולכת הקומץ למזבח, האם זה נחשב כחצי מתיר, כיוון שגם את הלבונה צריך להוליך למזבח? רבי יוחנן וריש לקיש נחלקים בדבר. רבי יוחנן רואה זאת כפעולת הקמיצה, ולכן זה נחשב כמתיר שלם. הוא סובר שהולכה למזבח אינה נחשבת כמתיר ממש, אלא כחלק חשוב מהעבודה, ולכן מחשבת פיגול תפסול את הקרבן אפילו אם קיימת פעולה מקבילה (הולכת הלבונה למזבח) שלא נעשתה במחשבת פיגול. ריש לקיש רואה זאת כהקטרת הקומץ, ולכן זהו רק חצי מתיר. שתי קושיות הועלו נגד רבי יוחנן, מהמשנה שלנו ומברייתא, ושתיהן יושבו; קושיה אחת הועלתה נגד ריש לקיש ונותרה ללא מענה.

אם אדם הקטיר כמות מזערית במחשבה לאכול כמות מזערית חוץ לזמנה, והמשיך לעשות זאת שוב ושוב עד שכל השאר הוקטר והמחשבות מכסות את כל היתרה, האם זהו פיגול. שלושה אמוראים נחלקים בדבר – אחד אומר שזהו פיגול, אחד אומר שזה פסול והשלישי אומר שזה מותר. בתחילה סברו שהם מתבססים על דעות תנאים שונות – רבי מאיר, חכמים ורבי. אך הצעה זו נדחית, והדבר מוסבר כמתבסס על השאלה האם רואים בהקטרת כמות מזערית כמעשה הקטרה ראוי ובאכילת כמות מזערית כמעשה אכילה ראוי.