חריפי דפומבדיתא סוברים שהקטרה יכולה ליצור פיגול עבור חברתה. באופן ספציפי, אם אדם מקטיר את הקומץ במחשבה להקטיר את הלבונה חוץ לזמנה, המנחה נעשית פיגול. הם מסבירים שאפילו רבנן – שבדרך כלל סוברים שמחשבת פיגול רק בחצי מתיר אינה מועילה – יודו כאן, כיוון שהמחשבה כוללת גם את הלבונה. רבא מחזק עמדה זו מלשון המשנה במנחות יב, אך הוכחתו נדחית כיוון שאינה מכרעת.

רב חסדא, לעומת זאת, מצטט את רב וטוען שהקטרה אחת אינה יכולה ליצור פיגול על הקטרה. הוא מנמק זאת בכך שהקומץ אינו המתיר של הלבונה, ולכן מחשבה הנוגעת ללבונה בזמן הקטרת הקומץ אינה רלוונטית. הוכחה לכך מובאת מהמקרה של שני כבשי עצרת, אך היא נדחית על ידי הבחנה בין פריטים הנמצאים בכלים נפרדים לעומת פריטים הנמצאים בכלי אחד.

רב המנונא מציג דבר שלמד מרבו הנחשב בעיניו כבעל ערך רב, מקרה שבו אדם מקטיר את הקומץ במחשבה להקטיר את הלבונה למחרת, ובמחשבה לאכול את השיריים למחרת, הקרבן הוא פיגול. זאת משום שהמחשבות המצטרפות מכסות בסופו של דבר הן את השלמת מעשי המתיר והן את אכילת השיריים אפילו אם אומרים שאין מתיר מפגל את המתיר ואין מפגלים בחצי מתיר.

הפרק מסתיים בדיון בברייתא לגבי מקרה שבו כולם מסכימים. בתחילה נראה שכולם מסכימים שיש פיגול גם אם מחשבת הפיגול הייתה רק במתיר אחד. אולם, כיוון שברור שאין זה המקרה, הם מגיהים את הברייתא כך שייכתב בה פסול במקום פיגול, שכן הכל מסכימים שהקרבן נפסל, גם אם אינו בהכרח פיגול.

הפרק השלישי פותח במשנה הדנה במחשבות בנוגע לדברים שאינם מיועדים בדרך כלל לשימוש מסוים זה. אם אדם מחשב בזמן עבודת הקומץ לאכול דבר שאינו נאכל בדרך כלל (כמו הקומץ עצמו) או להקטיר דבר שאינו מוקטר בדרך כלל (כמו השיריים), חכמים פוסקים שהקרבן כשר, בעוד שרבי אליעזר פוסל אותו. בנוסף, אם המחשבה נוגעת לכמות שהיא פחות מכזית, או אם היא משלבת חצי כזית של אכילה וחצי כזית של הקטרה, הקרבן נשאר כשר כי אכילה והקטרה אינן מצטרפות להגיע לשיעור הנדרש לפיגול.

רבי אסי בשם רבי יוחנן מסביר שרבי אליעזר לומד את שיטתו מכפילות הלשון בפסוק: "ואם האכל יאכל". הוא מבין זאת ככולל שני סוגי אכילה: אכילת אדם וצריכת המזבח (הקטרה). לכן, מחשבה להחליף את התפקידים הללו – כוונה לאכול את מה שמיועד להקטרה – היא מחשבה פוסלת תקפה. חכמים החולקים דורשים את הפסוק הזה באופן שונה – לרבות מקרה של מי שמשתמש בלשון אכילה במקום הקטרה כשיש לו כוונת פיגול, או כדי ללמוד את השיעור הנדרש להקטרה מהשיעור הנדרש לאכילה – כזית; כלומר, מי שמקטיר פחות מכזית בכוונת פיגול לא יעבור על האיסור.

רבי זירא שואל את רב אסי: אם רבי אליעזר לומד את עמדתו מהתורה, הרי שצריכה להיות על כך ענישה של כרת, ובכל זאת רב אסי אמר בשם רבי יוחנן שאין בכך כרת לר' אליעזר. רב אסי משיב שיש מחלוקת תנאים לגבי מהות הפסול של רבי אליעזר: דעה אחת סוברת שזהו פסול מהתורה שעונשו כרת, בעוד שדעה אחרת מציעה שזהו פסול מדרבנן, והוא מביא ברייתא לתמוך בכך. אך ההוכחה מהברייתא נדחית.