Niecodziennik Genetyczny

Dzisiejszy odcinek zapoczątkowuje miniserię o badaniach aDNA.

Krótkie streszczenie historii badań z dzisiejszego odcinka:
Callaway, E. (2021). Million-year-old mammoth genomes shatter record for oldest ancient DNA. Nature na: https://www.nature.com/articles/d41586-021-00436-x

Oryginalne badanie:
van der Valk, T., Pečnerová, P., Díez-del-Molino, D., Bergström, A., Oppenheimer, J., Hartmann, S., ... & Dalén, L. (2021). Million-year-old DNA sheds light on the genomic history of mammoths. Nature, 591(7849), 265-269

I artykuł o ewolucji mamutów poprzedzający te ostatnie odkrycia:
Lister, A. M., & Sher, A. V. (2015). Evolution and dispersal of mammoths across the Northern Hemisphere. Science, 350(6262), 805-809.


Muzyka: Music "Marble machine" by Wintergatan This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net
Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu: [email protected]

Artykuły, o których opowiadam w dzisiejszym odcinku (wybór nieobiektywny, ale przynajmniej artykuły dostępne):

Courtiol, Alexandre, et al. "Natural and sexual selection in a monogamous historical human population." Proceedings of the National Academy of Sciences 109.21 (2012): 8044-8049, dostępny na: https://www.pnas.org/content/109/21/8044.short - o badaniach historycznej populacji fińskiej, z których wynika, że zmiany kulturowe i demograficzne nie wykluczają możliwości oddziaływania doboru naturalnego i płciowego na ludzi

Courtiol, Alexandre, et al. "The demographic transition influences variance in fitness and selection on height and BMI in rural Gambia." Current Biology 23.10 (2013): 884-889, dostępny na: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982213004144 - o tym, jak to zmienne w czasie czynniki wpływają na dobór naturalny (selekcję).

Field, Yair, et al. "Detection of human adaptation during the past 2000 years." Science 354.6313 (2016): 760-764, można znaleźć o, tu: https://science.sciencemag.org/content/354/6313/760.long - opowiada o poszukiwaniach genów będących pod wpływem niedawnego doboru naturalnego (w skali ewolucyjnej).

Muzyka: Music "Marble machine" by Wintergatan This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net
Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu: [email protected]

Po długiej przerwie wracam z nowymi odcinkami! Pomyślałam, że na rozgrzewkę opowiem wam o części swojej rozprawy doktorskiej, stąd ten trochę dziwaczny tytuł odcinka. No i egocentryczna zawartość


Mam za to okazję zacytować dziś sama siebie!

Niedzicka, M., Dudek, K., Fijarczyk, A., Zieliński, P., & Babik, W. (2017). Linkage map of Lissotriton newts provides insight into the genetic basis of reproductive isolation. G3: Genes, Genomes, Genetics, 7(7), 2115-2124. - dostępne tu: https://academic.oup.com/g3journal/article/7/7/2115/6053596?login=true



I obiecany link do YT o izolacji DNA:

https://www.youtube.com/watch?v=S6m5DtW8vno

Muzyka: Music "Marble machine" by Wintergatan This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net

Tym razem odcinek wskazujący źródła informacji o temacie zajmującym obecnie niemal wszystkich - szczepionki na COVID-19.

Źródła wymienione w podcaście:

https://naukaprzeciwpandemii.pl/

https://www.ema.europa.eu/en/human-regulatory/overview/public-health-threats/coronavirus-disease-covid-19/treatments-vaccines/covid-19-vaccines - strona EMA (European Medicines Agency), Europejskiej Agencji Leków, na temat szczepionek

Pardi, N., Hogan, M., Porter, F. et al. mRNA vaccines — a new era in vaccinology. Nat Rev Drug Discov 17, 261–279 (2018). https://doi.org/10.1038/nrd.2017.243 - artykuł o szczepionkach mRNA z 2018 roku, cały tekst dostępny na stronie https://www.nature.com/articles/nrd.2017.243

Kaur, Rimple Jeet, et al. Adverse Events Reported From COVID-19 Vaccine Trials: A Systematic Review. Indian Journal of Clinical Biochemistry, 2021, 1-13 - nowy przegląd systematyczny o objawach niepożądanych, w całości dostępny tu: https://link.springer.com/article/10.1007/s12291-021-00968-z

Dai, L., Gao, G.F. Viral targets for vaccines against COVID-19. Nat Rev Immunol 21, 73–82 (2021). https://doi.org/10.1038/s41577-020-00480-0 - artykuł o wybieraniu białek wirusowych SARS-CoV-2 do szczepionek, cały tekst dostępny na https://www.nature.com/articles/s41577-020-00480-0

I na koniec dwa teksty o ucieczce immunologicznej i ewolucji wirusa: bardziej przystępny tekst https://www.the-scientist.com/news-opinion/a-guide-to-emerging-sars-cov-2-variants-68387 oraz Cobey, S., Larremore, D.B., Grad, Y.H. et al. Concerns about SARS-CoV-2 evolution should not hold back efforts to expand vaccination. Nat Rev Immunol (2021), dostępny w całości na: https://www.nature.com/articles/s41577-021-00544-9

Muzyka:
Music "Marble machine" by Wintergatan
This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net
Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net

Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu:
[email protected]

Skąd się wziął gen rośliny w genomie owada? I właściwie co to jest poziomy transferów genów? O tym opowiadam dzisiaj!

Główny artykuł:

Xia, J., Guo, Z., Yang, Z., Han, H., Wang, S., Xu, H., ... & Zhang, Y. (2021). Whitefly hijacks a plant detoxification gene that neutralizes plant toxins. Cell - nowo opublikowane badania dotyczące transferu genów od roślin do mączlika ostroskrzydłego.

Takie przyjemne popularnonaukowe opracowanie tego tematu jest dostępne tutaj:
https://www.nature.com/articles/d41586-021-00782-w

I kilka fajnych artykułów, o których opowiadam:

Yoshida, S., Maruyama, S., Nozaki, H., & Shirasu, K. (2010). Horizontal gene transfer by the parasitic plant Striga hermonthica. Science, 328(5982), 1128-1128 - transfer genu pomiędzy roślinami

Hotopp, Julie C. Dunning, et al. "Widespread lateral gene transfer from intracellular bacteria to multicellular eukaryotes." Science 317.5845 (2007): 1753-1756 - geny Wolbachii u różnych gospodarzy tej bakterii

Boschetti, Chiara, et al. "Biochemical diversification through foreign gene expression in bdelloid rotifers." PLoS Genet 8.11 (2012): e1003035 - tu za to znajdziecie fajne informacje o wrotkach, pełny tekst dostępny na https://journals.plos.org/plosgenetics/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1003035

Muzyka:
Music "Marble machine" by Wintergatan
This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net
Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net

Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu:
[email protected]
https://www.facebook.com/Niecodziennik-Genetyczny-106561038044952

Trzeci odcinek o determinacji płci, tym razem koncentruje się głównie na ewolucji chromosomów płci.

Dwa artykuły przeglądowe, o których wspominam:

Wright, A. E., Dean, R., Zimmer, F., & Mank, J. E. (2016). How to make a sex chromosome. Nature communications, 7(1), 1-8 - pełen tekst jest dostępny tu: https://www.nature.com/articles/ncomms12087

Abbott, J. K., Nordén, A. K., & Hansson, B. (2017). Sex chromosome evolution: historical insights and future perspectives. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 284(1854), 20162806 - i również pełen tekst jest dostępny u wydawcy: https://royalsocietypublishing.org/doi/pdf/10.1098/rspb.2016.2806

I jeszcze dodatkowo o ewolucji tempa rekombinacji między chromosomami płci:

Charlesworth, D. (2017). Evolution of recombination rates between sex chromosomes. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 372(1736), 20160456 - dostpęny tu: https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rstb.2016.0456

A do tego parę innych artykułów związanych z tematem:

Kamiya, Takashi, et al. "A trans-species missense SNP in Amhr2 is associated with sex determination in the tiger pufferfish, Takifugu rubripes (fugu)." PLoS genet 8.7 (2012): e1002798 - artykuł o determinacji płci u rozdymki, dostępny w całości tu: https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1002798

Matveevsky, S., Kolomiets, O., Bogdanov, A., Hakhverdyan, M., & Bakloushinskaya, I. (2017). Chromosomal evolution in mole voles Ellobius (Cricetidae, Rodentia): Bizarre sex chromosomes, variable autosomes and meiosis. Genes, 8(11), 306 - artykuł o ślepuszonkach i ewolucji ich chromosomów płci: https://www.mdpi.com/2073-4425/8/11/306

Rodrigues, N., Vuille, Y., Brelsford, A., Merilä, J., & Perrin, N. (2016). The genetic contribution to sex determination and number of sex chromosomes vary among populations of common frogs (Rana temporaria). Heredity, 117(1), 25-32 - artykuł o determinacji płci u żaby trawnej, również dostępny: https://www.nature.com/articles/hdy201622

Jeffries, Daniel L., et al. "A rapid rate of sex-chromosome turnover and non-random transitions in true frogs." Nature communications 9.1 (2018): 1-11 - więcej informacji co tam u tych żab w ogóle się dzieje: https://www.nature.com/articles/s41467-018-06517-2

Gazoni, T., Haddad, C. F. B., Narimatsu, H., Cabral-de-Mello, D. C., Lyra, M. L., & Parise-Maltempi, P. P. (2018). More sex chromosomes than autosomes in the Amazonian frog Leptodactylus pentadactylus. Chromosoma, 127(2), 269-278 - artykuł o rekordziście świstku

Przypominam tylko, że te artykuły to tylko takie wskazówki, gdzie można zacząć dalsze poszukiwania.

Muzyka:
Music "Marble machine" by Wintergatan
This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net
Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net

Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu:
[email protected]

Drugi odcinek o (genetycznych i środowiskowych) mechanizmach determinacji płci. Czy zawsze to tylko jeden z tych mechanizmów determinuje płeć? Czy u wszystkich gatunków jest ona niezmienna? O tym w dzisiejszym odcinku!

Polecam szczególnie poniższy artykuł jako dobre miejsce początkowe do dalszych poszukiwań (o ile ktoś ma dostęp):

Capel, B. (2017). Vertebrate sex determination: evolutionary plasticity of a fundamental switch. Nature Reviews Genetics, 18(11), 675. - praca przeglądowa o plastyczności determinacji płci, podsumowująca różne mechanizmy determinacji płci i ewolucyjną zmienność.

Przypominam też artykuł, który wymieniałam już poprzednio:
Bachtrog, Doris, et al. "Sex determination: why so many ways of doing it?." PLoS Biol 12.7 (2014): e1001899 - przyjemny do poczytania esej o różnych sposobach determinacji płci, prostujący popularne nieporozumienia. Pełen tekst dostępny na: https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001899

Kilka innych pozycji źródłowych okołotematycznych:
Shao, Changwei, et al. "Epigenetic modification and inheritance in sexual reversal of fish." Genome research 24.4 (2014): 604-615. - pełny tekst dostępny na: https://genome.cshlp.org/content/24/4/604.full.pdf+html
Quinn, Alexander E., et al. "Temperature sex reversal implies sex gene dosage in a reptile." Science 316.5823 (2007): 411-411.
Holleley, Clare E., et al. "Sex reversal triggers the rapid transition from genetic to temperature-dependent sex." Nature 523.7558 (2015): 79-82.

Jeśli chcielibyście szczegółowe artykuły na któryś konkretny temat poruszany w podcaście, to napiszcie!

Muzyka:
Music "Marble machine" by Wintergatan
This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net
Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net

Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu:
[email protected]
https://www.facebook.com/Niecodziennik-Genetyczny-106561038044952

Pierwszy odcinek z serii o (genetycznych) mechanizmach determinacji płci. Jakie mamy systemy chromosomów płci poza znanym nam X i Y? Zapraszam do słuchania!

Obiecana infografika na temat czynników wpływających na kształtowanie się płci o, tutaj:
https://static.scientificamerican.com/sciam/assets/File/051_sad0917MontA3p-01.png
A źródło pochodzenia - Scientific American:
https://blogs.scientificamerican.com/sa-visual/visualizing-sex-as-a-spectrum/

Kilka przykładowych artykułów na temat mechanizmów determinacji płci:

Bachtrog, Doris, et al. "Sex determination: why so many ways of doing it?." PLoS Biol 12.7 (2014): e1001899 - przyjemny do poczytania esej o różnych sposobach determinacji płci, prostujący popularne nieporozumienia. Pełen tekst dostępny na:
https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001899

Smith, Craig A., et al. "The avian Z-linked gene DMRT1 is required for male sex determination in the chicken." Nature 461.7261 (2009): 267-271. - O roli genu DMRT1 w determinacji płci u kur.

A tu trochę lżejsza lektura, jakby ktoś chciał sobie te chromosomy płci odświeżyć w przyjemniejszy sposób:
Hake, L. & O'Connor, C. (2008) Genetic mechanisms of sex determination. Nature Education 1(1):25
https://www.nature.com/scitable/topicpage/genetic-mechanisms-of-sex-determination-314/

Jeśli kogoś z was interesuje jakiś szczególny sposób determinacji płci, albo chcielibyście dowiedzieć się, skąd czerpię wiedzę np. na temat systemu XY u pytonów i boa, to dajcie znać!



Muzyka:
Music "Marble machine" by Wintergatan
This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net
Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net

Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu:
[email protected]
https://www.facebook.com/Niecodziennik-Genetyczny-106561038044952

Czy identyczne bliźnięta są identyczne? Skąd się biorą różnice, które obserwujemy w naszym genomie? O tym dzisiejszy odcinek, a jeśli myślicie, że mówię za szybko, albo nie w tak przemyślany sposób jak zawsze, dajcie znać, a ja chętnie przekażę wasze uwagi mojemu kontrolerowi jakości - kot Hermes jest w pełni odpowiedzialny za jakość odcinka!

Temat dnia:
Jonsson, Hakon, et al. "Differences between germline genomes of monozygotic twins." Nature Genetics 53.1 (2021): 27-34. https://www.nature.com/articles/s41588-020-00755-1 - Co prawda powiedziałam w nagraniu, że pełen artykuł nie jest dostępny, ale Nature w międzyczasie udostępniło go wszystkim (hura!)

Popularnonaukowe opracowania:
https://www.nature.com/articles/s41576-021-00328-w

https://www.the-scientist.com/news-opinion/identical-twins-accumulate-genetic-differences-in-the-womb-68324 - tu wywiad z pierwszym autorem publikacji

Inne artykuły:
Van Dongen, Jenny, et al. "The continuing value of twin studies in the omics era." Nature Reviews Genetics 13.9 (2012): 640-653. https://www.nature.com/articles/nrg3243 - recenzja opisująca kierunki badań genetycznych w których wykorzystuje się informacje pochodzące od bliźniąt.

Bruder, Carl EG, et al. "Phenotypically concordant and discordant monozygotic twins display different DNA copy-number-variation profiles." The American Journal of Human Genetics 82.3 (2008): 763-771. - Jeden z wielu artykułów opisujący różnice między bliźniętami wynikające ze zmian.



Muzyka:
Music "Marble machine" by Wintergatan
This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net
Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net

Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu:
[email protected]
https://www.facebook.com/Niecodziennik-Genetyczny-106561038044952

Niedawno opublikowano genomy dziobaka i kolczatki w czasopiśmie Nature. Czym jest genom, co z tego wynika, czemu to ciekawe - o tym w dzisiejszym odcinku!

Temat dnia:
Zhou, Y., Shearwin-Whyatt, L., Li, J. et al. Platypus and echidna genomes reveal mammalian biology and evolution. Nature (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-020-03039-0 - Genomy stekowców i pierwsze analizy porównawcze. Cały tekst dostępny na: https://www.nature.com/articles/s41586-020-03039-0

Popularnonaukowe podsumowanie: https://www.science.ku.dk/english/press/news/2021/how-earths-oddest-mammal-got-to-be-so-bizarre/

Inne artykuły:
Warren, W., Hillier, L. et al. Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution. Nature 453, 175–183 (2008). https://doi.org/10.1038/nature06936 - Pierwszy draft genomu dziobaka. Cały tekst dostępny na: https://www.nature.com/articles/nature06936

Rens, Willem, et al. "The multiple sex chromosomes of platypus and echidna are not completely identical and several share homology with the avian Z." Genome biology 8.11 (2007): 1-21. - Chromosomy płci u stekowców i ich podobieństwa do chromosomów ptaków. Skadinąd o chromosomach płci u stekowców napisano więcej artykułów. Cały tekst dostępny na: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2258203/

Biofluorescencja:
Anich, Paula Spaeth, et al. "Biofluorescence in the platypus (Ornithorhynchus anatinus)." Mammalia 1.ahead-of-print (2020) - wygląda na to, że gdzieś w międzyczasie artykuł przestał być publicznie dostępny, albo ja coś pomyliłam, ALE KLIKNIJCIE TUTAJ DLA ZDJĘĆ: http://www.sci-news.com/biology/ultraviolet-fluorescence-platypus-09026.html (to fotka z oryginalnego artykułu)


Muzyka:
Music "Marble machine" by Wintergatan
This track can be downloaded for free at www.wintergatan.net
Free License to use this track in your video can be downloaded at www.wintergatan.net

Masz pytania, uwagi, komentarze? Zapraszam do kontaktu:
[email protected]
https://www.facebook.com/Niecodziennik-Genetyczny-106561038044952