הרב חושף עומק חדש בהבנת המאמר "גדולה תשובה שמביאה רפואה לעולם". התשובה אינה רק תיקון החטא, אלא חזרה מהותית אל "התחלת" האדם - שורש נשמתו הטהורה שחצובה מתחת כיסא הכבוד. המהר"ל מזהה שלושה סוגי תשובה המקבילים לשלושת האבות: מאהבה (אברהם), מיראה (יצחק) ומייסורים (יעקב), כשההבדל ביניהם נעוץ במקור התשובה - האם היא באה מהאדם עצמו או מהבורא. התשובה האמיתית אינה מחזירה את האדם למצב קודם של תמימות, אלא מרוממת אותו למדרגה גבוהה יותר, מרחיבה את כליו לקבל אור אלוקי גדול יותר, וכשם שהיא מרפאת את האדם כ"עולם קטן", כך היא מרפאת את העולם בכללותו.