この研究論文は、タンパク質言語モデル（PLM）の内部メカニズムを理解するための体系的なアプローチとして、スパースオートエンコーダー（SAE）の使用を紹介しています。著者らは、SAEをPLMであるESM-2の埋め込みに適用することで、個々のニューロンでは解釈が難しかった数千の人間が解釈可能な潜在特徴を抽出できることを示しています。これらの特徴は、結合部位や構造モチーフなど、既知の生物学的概念と強く相関しており、PLMが情報を重ね合わせて表現しているという証拠を提供します。さらに、このフレームワーク（InterPLMとして視覚化プラットフォームも提供）は、欠落したアノテーションの特定や、標的を絞ったタンパク質配列生成の誘導といった実用的な応用も可能にすることを実証しています。

Nat Methods. 2025 Oct;22(10):2107-2117. doi: 10.1038/s41592-025-02836-7. Epub 2025 Sep 29.

InterPLM: discovering interpretable features in protein language models via sparse autoencoders

E Simon, J Zou

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41023434/

この研究論文では、神経細胞の活動依存的なクエン酸ダイナミクスを調査するため、定量的蛍光バイオセンサーが開発されました。研究者らは、既存のセンサーの制限に対処するために、蛍光寿命読み出し方式のCitA-Tq-LRおよびCitA-Tq-HRというペアのセンサーを設計しました。これらのセンサーは、pH、マグネシウムイオン、温度に対する耐性を示し、生理的条件下で遊離クエン酸に特異的に結合することが確認されました。マウスの脳スライスを用いた実験では、ニューロンの脱分極が細胞質遊離クエン酸の急速な（数秒以内の）低下を引き起こし、その後数分かけて回復することが示されました。さらに、この現象がミトコンドリアのカルシウムユニポーター（MCU）の活動に依存していることが判明し、クエン酸が解糖系の迅速な制御においてブレーキ役として機能するという仮説と一致しています。

Proc Natl Acad Sci U S A. 2025 Oct 14;122(41):e2519902122. doi: 10.1073/pnas.2519902122. Epub 2025 Oct 10.

Activity-dependent citrate dynamics in neurons

P C Rosen et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41071660/

この研究論文は、腹側海馬（vHPC）のvCA1領域における刺激特徴の表現を探るものです。複数の感覚刺激（報酬、ショック、匂い、味覚）を用いた実験を通じて、vCA1が刺激のアイデンティティ、感覚モダリティ、強度を強く符号化していることを示しています。しかし、研究結果は、vCA1が刺激の情動的価数（ポジティブまたはネガティブ）を一般化された形で表現しているという仮説を裏付けていません。さらに、経験（例えば、味覚嫌悪条件付け）が加わっても、刺激の価数が変化しても、vCA1の表現は刺激固有の安定性を維持し、弁別性が向上することが示されています。

Neuron. 2025 Sep 17;113(18):3015-3030.e6. doi: 10.1016/j.neuron.2025.06.007. Epub 2025 Jul 30.

Representations of stimulus features in the ventral hippocampus

J S Biane et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40744009/

提供されたテキストは、2014年のPhysical Review Eに掲載された学術論文からの抜粋であり、坂口-蔵本モデルの変種におけるダイナミクスに焦点を当てています。この研究では、異なる位相遅延と相互作用強度を持つ2つの部分集団で構成される、大域的に結合された位相振動子のシステムが解析されています。研究者たちは、静的な同期状態（一般化されたπ状態）と2種類の伝播波状態が存在することを発見し、伝播波状態が静的な状態よりも優勢なダイナミクスであることを示しています。重要な知見として、適切なパラメータ経路を通すことで、これらの定常状態と伝播波状態が滑らかに接続され得ることが数値解析と理論解析を用いて説明されています。

Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2014 Jul;90(1):012903. doi: 10.1103/PhysRevE.90.012903. Epub 2014 Jul 8.

Dynamics in the Sakaguchi-Kuramoto model with two subpopulations

P Ju et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25122356/

この学術論文は、乏突起膠細胞が軸索の生存と機能を、髄鞘形成とは独立したメカニズム、具体的にはモノカルボン酸トランスポーター1 (MCT1)を介した乳酸の輸送によって代謝的に支援しているという新しい基礎メカニズムを提示しています。研究者たちは、MCT1が乏突起膠細胞に高濃度で存在し、このトランスポーターの機能が破壊されると、動物モデルや細胞培養モデルで軸索の損傷とニューロンの損失が生じることを示しました。さらに、筋萎縮性側索硬化症 (ALS)の患者とマウスモデルにおいてMCT1の発現が低下していることが示され、この輸送経路の障害がALSの病因に関与している可能性が示唆されています。全体として、この研究は、乏突起膠細胞がニューロンと軸索を支援する極めて重要な代謝的役割を定義しています。

Nature. 2012 Jul 26;487(7408):443-8. doi: 10.1038/nature11314.

Oligodendroglia metabolically support axons and contribute to neurodegeneration

Y Lee et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22801498/

この文書は、ネズミの採餌行動における価値に基づく意思決定と、それに関連する前頭皮質のニューロン活動を調査した学術論文の抜粋です。マウスが仮想採餌タスクにおいて、時間と報酬の競合的な統合によってパッチを離れるタイミングを決定していることを示しています。この行動は、ゆっくりと変動する忍耐力（latent patience）のレベルによって調整される統合モデルによって最もよく説明され、最適採餌理論（MVT）からの系統的な逸脱を定量的に捉えています。さらに、前頭皮質のニューロン群が報酬によって抑制される傾斜信号を示し、これが価値に基づく採餌決定を導く潜在的な統合メカニズムとして機能している可能性を提起しています。

Neuron. 2025 Aug 6:S0896-6273(25)00515-X. doi: 10.1016/j.neuron.2025.07.008. Online ahead of print.

Competitive integration of time and reward explains value-sensitive foraging decisions and frontal cortex ramping dynamics

Michael Bukwich et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40780211/

この研究は、安定した多感覚環境における海馬の場所細胞の表現的ドリフトに焦点を当てています。具体的には、マウスが仮想現実システム内で行動する際に、行動や感覚環境のわずかな変動が表現的ドリフトの速度に影響を与えないことを発見しました。代わりに、研究者たちは個々の場所細胞の興奮性が、その長期的な表現の安定性を予測する主要な因子であることを突き止めました。この発見は、表現的ドリフトが外部要因ではなく、内在的な細胞メカニズムによって駆動されるという考えを支持しています。

Nature. 2025 Sep;645(8080):457-465. doi: 10.1038/s41586-025-09245-y. Epub 2025 Jul 23.

Hippocampal representations drift in stable multisensory environments

J R Climer et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40702176/

この研究は、筋萎縮性側索硬化症（ALS）などの加齢に伴う神経変性疾患を治療するための新たなアプローチに焦点を当てています。具体的には、研究者たちはISL1とLHX3という2つの胚性運動ニューロンプログラミング因子が、成熟した運動ニューロンの若々しい遺伝子発現プログラムを再活性化し、ALSマウスモデルにおける疾患関連の病理を抑制できることを発見しました。ウイルスを介してこれらの因子を導入することで、細胞レベルの病理が軽減され、臨床症状の発症が遅延しました。この結果は、特定の神経細胞を若返らせることで、加齢性神経変性疾患に対処する可能性を示唆しています。

Nat Neurosci. 2025 Aug 12. doi: 10.1038/s41593-025-02033-x. Online ahead of print.

Embryonic motor neuron programming factors reactivate immature gene expression and suppress ALS pathologies in postnatal motor neurons

E R Lowry et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40796666/

Latent learning drives sleep-dependent plasticity in distinct CA1 subpopulationsという記事は、海馬のCA1領域における空間学習の神経メカニズムを解き明かしています。この研究は、マウスが報酬なしで新しい環境を探索する潜在学習が、どのように脳内に「認知地図」を形成するかを調査しました。著者らは、この過程でCA1の神経アンサンブルが低次元の多様体に変換され、これが物理的な環境を反映するようになることを発見しました。特に、最初は空間選択性が低い**「弱く空間的な（WS）細胞」が、学習と睡眠を通じて他の神経細胞との相関活動を高め**、この地図状のコード形成に重要な役割を果たすことが示唆されています。この神経多様体の変化は睡眠に依存しており、記憶の固定化における睡眠の重要性を強調しています。

Cell Rep. 2024 Dec 24;43(12):115028. doi: 10.1016/j.celrep.2024.115028. Epub 2024 Nov 28.

Latent learning drives sleep-dependent plasticity in distinct CA1 subpopulations

W Guo et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39612242/

この研究は、運動技能の学習と長期的な記憶の安定化における、脳の異なる領域間の連携を解明しています。具体的には、海馬（HPC）、前頭前野（PFC）、および一次運動野（M1）が、睡眠中の徐波振動（SO）とシャープウェーブリップル（SWR）を介してどのように相互作用するかを調べています。初期の学習段階では、海馬とM1の結合が重要であり、これは新しい運動パターンの「多様な探索」と関連しています。その後、運動性能が安定化するにつれて、PFCとM1のSO結合が顕著に増加し、海馬の関与が減少するという記憶統合の2段階モデルが示唆されています。さらに、課題設定の変更によって新たな学習が促されると、海馬と皮質の結合が再び活性化されることも発見されました。

Nature. 2023 Jan;613(7942):103-110. doi: 10.1038/s41586-022-05533-z. Epub 2022 Dec 14.

Cortical-hippocampal coupling during manifold exploration in motor cortex

J Kim et al

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36517602/