Deadfire é uma sequência direta de Pillars of Eternity, que se passa no mundo de Eora. Tal como no primeiro jogo, o jogador assume o papel de um “Vigilante”, uma personagem com a capacidade de olhar para a alma das outras pessoas e ler as suas memórias, bem como as das suas vidas passadas.  A história começa cinco anos após os eventos do primeiro jogo. Eothas, o deus da luz e do renascimento que se acreditava morto, desperta sob a fortaleza do jogador Caed Nua desde o primeiro jogo. O despertar de Eothas é extremamente violento, e ele destrói Caed Nua, enquanto drena as almas das pessoas na área circundante. O Observador também tem um pedaço de sua alma arrancado durante o ataque, mas mal consegue se agarrar à vida. Nesse estado quase morto, ele é contatado por Berath, o deus da morte, que se oferece para restaurar sua alma em troca de concordar em se tornar o arauto de Berath e assumir a tarefa de perseguir Eothas para descobrir o que ele está planejando. A caça a Eothas leva o Vigia (e sua tripulação) de navio para o Arquipélago Deadfire, onde eles devem tentar buscar respostas - respostas que podem lançar mortais e os próprios deuses no caos. As ações e decisões do jogador no primeiro jogo influenciam certos elementos do enredo de Deadfire.