Pillars of Eternity II: Deadfire é um RPG jogado de uma perspectiva isométrica. Novos companheiros estão disponíveis, dependendo das escolhas feitas pelo jogador, que desempenham um papel opcional na história do jogo. Deadfire concentra-se na navegação marítima e na exploração de ilhas por meio de um navio. Tripulações também podem ser contratadas para cuidar deles e auxiliar no combate aos navios. A jogabilidade baseada em classe retorna, com cada classe tendo pelo menos quatro subclasses opcionais com habilidades únicas. Um novo recurso do Deadfire em comparação com o original são as subclasses.