千菌万码 Microbial Matters

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。

今天介绍的两篇文章：

1.Tian, J. et al. Inactivation of the antidiabetic drug acarbose by human intestinal microbial-mediated degradation. Nat Metabolism 1–14 (2023) doi:10.1038/s42255-023-00796-w.

2.Keller, L. J. et al. Chemoproteomic identification of a DPP4 homolog in Bacteroides thetaiotaomicron. Nat. Chem. Biol. 1–11 (2023) doi:10.1038/s41589-023-01357-8.

肠道菌群与人类的代谢疾病有什么联系？发现肥胖与肠道菌群的联系的是哪个研究？肠道菌群如何影响2型糖尿病？常用的降糖药二甲双胍对肠道菌群有什么影响？为什么有些糖尿病患者对阿卡波糖耐药？DPP-4抑制剂对多形拟杆菌有什么影响？

原文链接：https://www.nature.com/articles/s42255-023-00796-w ；https://www.nature.com/articles/s41589-023-01357-8

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今天介绍的文章是：Commensal microbiota from patients with inflammatory bowel disease produce genotoxic metabolites （炎症性肠病病人的菌群产生有遗传毒性的代谢物）。在2022年10月发表于《科学》（Science）杂志上。

第一作者： 曹议匀

通讯作者：Noah W. Palm

通讯单位：耶鲁大学

结直肠癌与肠道菌群有什么关系？

什么细菌会产生造成DNA突变的毒素？

摩根菌产生了什么新型的毒素？

它对结直肠癌有什么影响？

原文链接：https://doi.org/10.1126/science.abm3233

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今天介绍的文章是：Codiversification of gut microbiota with humans （人类与肠道菌群的共同多元化）。2022年9月发表于Science 《科学》杂志。

第一作者：Taichi A. Suzuki, J. Liam Fitzstevens

通讯作者：Ruth E. Ley

通讯单位：Max Planck Institute for Biology, Tubingen 马克斯普朗克生物研究所

我们已经知道，人类的肠道里有数万亿个细菌，它们帮助我们消化食物、抵御感染，甚至影响我们的情绪和行为。但是这些细菌从何而来呢？尤其是如果把时间尺度放大，从人的一生放大到人类的进化史，那么肠道菌群是怎样与人类演化的呢？它们是否与人类一起进化的呢？哪些细菌与人类共同分化了？共同分化的细菌有什么特征？

原文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm7759

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Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research.

J. Suez, Y. Cohen, R. Valdés-Mas, U. Mor, M. Dori-Bachash, S. Federici, N. Zmora, A. Leshem, M. Heinemann, R. Linevsky, M. Zur, R. B.-Z. Brik, A. Bukimer, S. Eliyahu-Miller, A. Metz, R. Fischbein, O. Sharov, S. Malitsky, M. Itkin, N. Stettner, A. Harmelin, H. Shapiro, C. K. Stein-Thoeringer, E. Segal, E. Elinav, Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance. Cell (2022), doi:10.1016/j.cell.2022.07.016.

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今天介绍的文章是：Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance （甜味剂对葡萄糖耐受的影响是个人化的，且由菌群驱动）. 在2022年8月发表于Cell细胞杂志。

第一作者： Jotham Suez, Yotam Cohen

通讯作者：Eran Segal, Eran Elinav

通讯单位：Weizmann Institute of Science 以色列魏茨曼科学研究所

00:38 Eran们的实验室过往研究简介

02:10 甜味剂简介及个人味觉感受

04:14 不同甜味剂代谢的区别以及“0卡”的秘密

05:36 正文介绍：实验设计

07:39 主要结论一：糖精和三氯蔗糖可逆地影响糖耐度

08:20 主要结论二：肠道菌群介导了糖耐度变化，对甜味剂的响应因人而异

09:23 研究局限

10:09 甜味剂不是洪水猛兽，管住嘴迈开腿是正解

原文链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00919-9

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今天介绍的文章是：Akkermansia muciniphila phospholipid induces homeostatic immune responses （嗜黏蛋白阿克曼菌的磷脂诱导稳态免疫响应）。在2022年7月发表于Nature自然杂志。

第一作者： Munhyung Bae, Chelsi D. Cassilly

通讯作者：Ramnik J. Xavier, Jon Clardy

通讯单位：哈佛医学院，博德研究所

00:51 阿克曼菌与人类健康

02:05 阿克曼菌身上啥是宝？

03:22 阿克曼菌的“精油”

05:16 PE的结构与活性的关系

05:55 阿克曼菌PE的免疫调节效果

07:46 拓展阅读：人类病菌的磺酸脂

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-022-04985-7

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不知道大家能不能听出来，这是我换了新话筒以后录的第一期节目，我趁Prime Day买了一个AmazonBasics的一个电容话筒，不知道音质有没有提升？

今天介绍的文章是：Gut metabolites predict Clostridioides difficile recurrence （肠道代谢物预测艰难梭菌复发）。在2022年6月发表于Microbiome（微生物组）上。

第一作者： Jennifer J. Dawkins, Jessica R. Allegretti

通讯作者：Georg K. Gerber

通讯单位：哈佛医学院

00:56 艰难梭菌反复感染

02:10 研究设计

03:07 代谢组是最佳预测变量

04:13 哪些分子与感染复发相关？

05:43 菌群功能比菌群组成更重要！

原文链接：https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-022-01284-1

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今天介绍的文章是：A centimeter-long bacterium with DNA contained in metabolically active, membrane-bound organelles （一个厘米级的、DNA在代谢活跃、膜包裹的细胞器中的细菌）。在2022年6月发表于Science科学杂志。

第一作者： Jean-Marie Volland, Silvina Gonzalez-Rizzo, Olivier Gros

通讯作者：Tanja Woyke, Shailesh V. Date

通讯单位：美国劳伦斯伯克利国家实验室等

00:57 突破性发现一：巨大的肉眼可见的细菌！

03:17 突破性发现二：细菌内有非常多带膜的细胞器！

原文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.abb3634

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今天介绍的文章是：High-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome （高通量、有菌株解析度的单细菌基因组应用于人类肠道菌群）；在2022年6月发表于Science科学杂志上。

第一作者： 郑文山、赵诗杰

通讯作者：Peter Lu, Eric Alm, David Weitz

通讯单位：哈佛大学，麻省理工学院

00:55 研究菌群基因组的几种策略与其局限性

03:06 微流控技术Microfluidics简介

04:30 正文介绍，Microbe-Seq

08:03 Microbe-Seq的局限

08:54 利益相关声明

原文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm1483

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今天介绍的文章是：Noninvasive assessment of gut function using transcriptional recording sentinel cells (使用转录记录的哨兵细胞进行肠道功能的非侵入评估)。在2022年5月发表于Science科学杂志。

第一作者： Florian Schmidt, Jakob Zimmermann, Tanmay Tanna

通讯作者：Andrew Macpherson, Randall Platt

通讯单位：ETH Zurich苏黎世联邦理工学院, 伯尔尼大学

01:07 Record-Seq背景介绍

02:30 正文介绍

03:46 吐槽1：Record-Seq的系统性偏差

04:57 吐槽2：Record-Seq无法在时间上调控

06:23 小鼠食粪对Record-Seq的进一步干扰

06:51 吐槽3：Record-Seq丢失了时序信息

07:42 吐槽4：大肠杆菌哨兵细胞的劣势

原文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm6038

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