Untuk memahami mengenai letak hati nurani, perlu sekali mengerti mengenai struktur permanen manusia. Sebenarnya memang sukar untuk mengatakan bahwa manusia ini terdiri dari dua atau tiga unsur, sebab manusia sebuah personalitas totalitas yang tidak terpisahkan, tetapi juga bukan satu dalam arti hanya satu unsur saja. Berdasarkan Alkitab, ternyata memang ada beberapa unsur yang tergabung dalam diri makhluk yang disebut manusia ini. Unsur-unsur itu antara lain roh, jiwa dan tubuh (1Tes. 5:23), teori ini disebut trikotomi. Di lain pihak ada sebagian ahli penganut teori dikhotomi yang cukup membagi manusia menjadi dua unsur saja, yaitu manusia batiniah dan manusia lahiriah. Dalam teori dikhotomi, roh dan jiwa disatukan. Kedua teori ini memiliki landasan dari Alkitab. Untuk lebih mudahnya memahami struktur permanen manusia, kita membagi manusia dalam tiga bagian. Tentu pembagian ini tidak secara mutlak, sebab manusia sebuah personalitas totalitas; suatu kesatuan yang tidak terbagi-bagi.

Sebagai kerangka untuk memahami struktur permanen manusia ini, maka perlu dijelaskan bagaimana Tuhan menciptakan manusia: Tuhan menghembuskan nafas hidup (Ibr. neshamah; נְשָׁמָה) ke sosok tubuh yang terbuat dari tanah liat, kemudian manusia menjadi makhluk yang hidup. Ketika roh (Ibr. neshamah) kontak dengan tubuh, maka manusia menjadi makhluk yang hidup (Kej. 2:7). Hal ini paralel dengan proses pembuahan. Dalam proses pembuahan, sperma (benih pria) bertemu dengan ovum atau sel telur (benih wanita). Pertemuan ini menghasilkan zigot yang menjadi janin. Zigot inilah bakal tubuh manusia yang pada mulanya sangat kecil, tidak kelihatan kalau tidak menggunakan kaca pembesar. Dalam zigot terdapat roh, itulah sebabnya bisa dikatakan bahwa kehidupan sudah dimulai sejak terbentuknya janin. Di dalam kandungan, proses terbentuknya anak manusia sudah mulai berlangsung. Roh manusia atau unsur kehidupan membuat zigot berkembang.

Pada waktu bayi baru lahir, yaitu setelah sembilan bulan, ia sudah memiliki tubuh dan roh, tetapi jiwanya belum lengkap atau belum sadar sepenuhnya. Jiwa masih kosong, demikian pula dengan hati nurani yang ada pada roh atau neshamah-nya juga belum terbentuk sama sekali. Neshamah adalah rumah untuk hati nurani. Dalam bahasa Ibrani ada dua kata yang dapat diterjemahkan roh. Pertama adalah ruakh (רוּחַ). Kata ini lebih menunjuk kepada pribadi dan unsur kehidupan. Sedangkan kata kedua adalah neshamah (נְשָׁמָה). Neshamah lebih menunjuk kepada unsur kesadaran pada manusia, yang memuat hati nurani atau letak hati nurani. Dengan demikian, hati nurani ada di dalam bagian terdalam kehidupan manusia, yaitu di dalam rohnya (neshamah).

Ketika seorang anak manusia baru lahir, roh atau neshamah-nya belum berkualitas sama sekali atau belum memiliki isi, sebab hati nuraninya belum terbentuk sama sekali. Seiring dengan perjalanan waktu, ketika jiwa menjadi lengkap sehingga memiliki kesadaran, maka jiwa mulia mendapat masukkan atau isi. Dari kesadaran ini jiwa menyerap segala sesuatu melalui jendela jiwa, yaitu panca indera, khususnya mata dan telinga. Masukkan yang terbanyak ke dalam jiwa akan mewarnai hati nurani. Dari hal ini, kita pahami bahwa hati nurani seseorang baru terbangun atau terbentuk dalam rohnya ketika jiwanya mendapat isi atau masukkan. Di sini kualitas neshamah mulai ada, yaitu tergantung apa yang dimasukkan ke dalam neshamah-nya.

Dari pertimbangan individu, yang paling banyak dimasukkan ke dalam neshamahnya melalui jiwa membentuk atau membangun hati nuraninya. Pertimbangan individu maksudnya adalah apa yang dipandang baik dan buruk, indah dan tidak indah, menguntungkan dan merugikan, membahagiakan dan tidak membahagiakan, memiliki nilai tinggi atau bernilai dan tidak bernilai, mulia dan hina, sopan dan tidak sopan dan lain sebagainya. Tentu yang dimasukkan ke dalam neshamahnya adalah apa yang dipandang positif. Dalam hal ini, ada proses pertimbangan yang hasilnya dimasukkan ke dalam neshamahnya.