רבי משה דוד ואלי חיבר עשרות חיבורים על כל התנ"ך המתפרשים על כ-15,000 עמודים, שחלקם מצויים בכתבי יד.
בחיבוריו הוא אסוציאטיבי ופחות מובנה. כן הוא מזכיר כמה פעמים דברים ששמע מרמח"ל. כמו כן ניכרת בחיבורו השפעה של קבלת רבי אברהם אבולעפיה.
ספריו מפרשים את המקרא בדרך הפשט, אבל מוטעמים במידה גדושה של דברי סוד, בסגנון קל ושווה לכל נפש. דרכו היא שהפשט והסוד שלובים יחד. ציר מרכזי בחיבוריו הוא הרעיון ששלימות ההנהגה הוא שההנהגה התחתונה (בעולמנו) צריכה להשתוות אל ההנהגה העליונה.
רעיון מרכזי בכל חיבוריו הוא ענין "תיקון השכינה", לגרום להשראתה בעולמנו, ולצורך זה הבירורים להוציא הקדושה ממאסר הקליפה. המחבר רואה את עצמו כ"המברר" (עיי"ש בהקדמה דף ז') והקדיש עצמו לעבודה מאומצת לכך משך שבע שנים[1].
המחבר מלמד בכל ספריו שכל צרותיהם של ישראל אינן להשחתה ח"ו כי אם לתיקון. כל הרעות מתהפכות לטובה. המחבר עסק ברפואה. הרבה ידיעות חשובות בעניני הטבע, ומה הם הסודות שגרמו לטבע להיות ערוך דוקא כך וכך, מבוארים בספרו ("ליקוטים", ח"א עמ' קכז-קמג).