Federico II non seppe approfittare del trionfo di Cortenuova contro i comuni della lega lombarda (1237), ma consentì al papato e ai comuni di riorganizzarsi e di prepararsi allo scontro finale. L'ultimo decennio della vita di Federico II fu un continuo susseguirsi di scontri politici - il nuovo papa Innocenzo IV lo scomunicò e lo depose al concilio di Lione - e militari. Federico II e i suoi avversari compresero che, per quante città e terre l'esercito imperiale riuscisse a sottomette, appena levava le tende, tornava immediatamente a spirare il vento della ribellione. Questo accadde perché i motivi del conflitto per il potere universale si saldarono al conflitto fra le fazioni guelfe e ghibellini all'interno dei comuni. Universale e particolare sono due aspetti della stessa conflittualità. Dopo la morte improvvisa di Federico (1250) toccò prima al figlio Corrado IV e poi, morto anche lui, al figliastro Manfredi raccogliere il titolo di guida dei ghibellini in Italia. E fu proprio Manfredi Lancia a riuscire nuovamente a portare in alto l'egemonia imperiale, dopo la vittoria di Montaperti (1260) che determinò, seppur per breve periodo, il dominio ghibellino in Toscana