孙恩率众退入海岛。公元400年五月，孙恩从浃口(在今浙江宁波市镇海东南)登陆，入余姚，破上虞，进至邢浦(今浙江绍兴市北三十五里)，被谢琰派兵击退。几天后，起义军再度进攻邢浦，官军失利，孙恩乘胜追击，山阴(今浙江绍兴市)一战，阵斩骄傲自恃的谢琰及其二子，朝廷大震，增派北府兵将领高雅之等堵击起义军。这年十一月，孙恩大败官军于余姚。东晋政府紧急任命刘牢之都督会稽、临海、东阳、永嘉、新安五郡军事，统兵进击孙恩。恩又退至海岛。次年二月，孙恩又自浃口以水军进攻句章(在今浙江宁波市南)，转而进攻海盐，都被刘牢之部将刘裕击破。五月，恩率军北上，攻下沪渎(今属上海)，杀吴国内史袁山。六月，又浮海疾进至丹徒(今江苏镇江市东丹徒镇)，有战士十余万，楼船千余艘。建康震惧，内外戒严，东晋政府赶忙下令驻扎江北的军队入卫京都。刘牢之也派刘裕自海盐兼程赴援。孙恩知道建康已有防备，不打算硬攻，便派兵攻破广陵(今江苏扬州市)；自己率领水军浮海攻下郁洲(今江苏连云港东云台山一带)，生擒东晋将军高雅之。但与刘裕三战三败，死伤万余人，于是又从浃口远航海岛。
这时由于东晋政府加强了沿海地区的防务，起义军得不到给养，又发生疫病，“死者大半”(《宋书·武帝纪》)。最后于公元402年三月，孙恩进攻临海失败，起义军损失很大。孙恩及其家属和部下一百多人，一起投海而死，人们便传说孙恩成了“水仙” (《晋书·孙恩传》)。起义军余众还有几千人，推孙恩妹夫卢循为首领。当时东晋政权已经落入桓玄手中，桓玄正想代晋称帝， 力求稳定局势，乃发表卢循为永嘉太守。卢循在大起义失败之后，也想争取一个喘息的机会，所以表面上接受了永嘉太守的任命，实际上并没有停止对东晋统治阶级的斗争。
卢循，范阳涿(今河北涿州)人，出身于北方大族。孙恩领导农民起义时，循即参加起义军。孙恩投海死后，循取得余部的领导权。公元403年正月，循出兵进攻东阳，被刘裕击败。同年八月，刘裕进攻永嘉，卢循接战不利，退往晋安(郡治原丰，今福建福州市)。次年十月，又泛海攻下番禺(今广东广州市)，活捉东晋广州刺史吴隐之。卢循自称平南将军，摄(代理)广州刺史事。 派他的姊夫徐道覆攻下始兴(今广东韶关市西南)。在这期间， 北府兵后起将领刘裕掌握了东晋政府的大权，正在消灭桓玄的残余势力，无暇南顾，就在公元405年的四月，正式任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。卢循也答应了东晋政府提出的要求，把俘虏的前广州刺史吴隐之和流寓在广州的世族大地主王诞一并放回。
孙恩所领导的浙东农民起义，它不仅是为了推翻东晋在江南的统治权而进行的斗争，同时由于参加的起义群众多半是浙东世族庄园里奴童佃客，作为领导者的孙恩虽然自己出身世族， 但为了满足起义群众要求，因此也必须无情地打击或消灭以王、 谢为首的世族大地主。消灭的对象如谢琰是谢安之子，谢肇、谢峻是谢琰之子，谢邈是谢安幼弟谢铁之长子，谢冲是谢邈之胞弟，谢明慧是谢冲的亲生儿子而又过继给谢石(谢安弟，谢铁兄) 子谢汪为子的(所以袭封南康公)，王凝之是王羲之的儿子，又是谢安的侄女婿。孙恩还下令悬赏通缉谢方明(谢冲子，因为谢方明组织地主武装的缘故)。这正可以说明浙东是王、谢的天下， 而这次浙东的农民运动所要消灭的对象也正居他们。