این نخستین بار بود که میرزا حسینعلی نوری در طریق آیین جدید، گرفتار زندان می‌شدند. پس از چند روز با تلاش جعفر قلی خان برادر میرزا آقا خان نوری و چند تن دیگر، ایشان از خانه کدخدا رها شدند. متصدیان امور و روسای کدخدا از ترس جعفر قلی خان از رفتار خود نسبت به میرزا حسینعلی عذرخواهی کردند و با نهایت حسرت و افسوس پی کار خویش رفتند، اما بازماندگان ملاتقی هم‌چنان تلاش می‌کردند که از اصحاب حضرت باب انتقام بگیرند. حتی نزد شاه رفته و برای مجازات قاتلان ملاتقی برغانی دادخواهی نمودند.

سرانجام قره‌العین و اصحاب حضرت باب قصد عزیمت به قزوین نمودند. در بازگشت به قزوین، برادران قره‌العین به علاوه چند تن از زنان و خویشان طاهره و گروهی از اصحاب باوفای حضرت باب، همراه قره‌العین بودند. قره‌العین امر فرمود که چند تن از اصحاب عرب، هم‌چون شیخ سلطان کربلایی، شیخ محمد شِبل بغدادی و فرزندش آقا محمد مصطفی به عراق عرب مراجعت کنند. جمعی را نیز بعدا در قزوین، امر به مراجعت عراق کرد.

پس از ۱۵ روز چهار تن از بستگان قره‌العین که همگی آن‌ها از علمای بانفوذ بودند به کرمانشاه آمدند و بدون اطلاع امیر کرمانشاه، با سرتیپ صفرعلی خان، برای اخراج قره‌العین از کرمانشاه و اعزام ایشان به قزوین به مشورت نشستند. پیش از طلوع آفتاب روز دوم ورود بستگان قره‌العین به کرمانشاه، سه خانه‌ای که قره‌العین و همراهانش در آن ساکن بودند، به وسیله صفرعلی خان و سربازان‌اش محاصره شد.

موضوع اقدامات و فعالیت‌های قره‌العین به والی بغداد و دربار عثمانی گزارش شد. سه ماه گذشت و پاسخی از دربار نیامد. در این مدت ماموران هم‌چنان در اطراف منزل ایشان مراقبت می‌کردند. قره‌العین به حکومت مراجعه نمود و اظهار داشت چون خبری از بغداد و استانبول نیامده، من خود به بغداد می‌روم و آنجا منتظر باب عالی دربار عثمانی می‌شوم. حکومت موافقت کرد. قره‌العین با شمس‌الضحی، ورقه‌الفردوس و والده ملاحسین بشرویه‌ای و گروهی از رجال مومنین، عازم بغداد شد.