Érintett témák címszavakban: bioinformatika és számítógépes biológia; fehérjék szerkezetének és funkciójának kapcsolata; bioinformatika Szent Grálja: fehérjék háromdimenziós szerkezetének meghatározása/jóslása aminosav szekvenciából; szekvenátorok; emberi fehérjék; egyszerű newtoni mechanikai leírás problémái és hiányosságai, vizes közeg; kristályosítható fehérjék térszerkezetének meghatározása kisérletes röntgendiffrakciós módszerrel; homológia modellezés módszere; fehérjék feltekeredése, segítő fehérjék; mélytanulás a bioinformatikában, neurális hálók által reprezentált mély információk; konvolúciós neurális hálók a fehérjék térszerkezetének jóslásában, lokális információk kinyerése; többszörös szekvencia illesztés, koevolúciós jelenségek, rokon fehérjék; kétévente megrendezett CASP verseny; AlphaFold 1, 2, 3 és újabb módszerek; átlagos tévedés ångström nagyságrendjében; AlphaFold 3 súlyaihoz tartozó korlátozott licence; fehérjék mozgékonysága, disztogram függvény; áttörés: transzformer architektúra; nukleáris magrezonanciás vizsgálati módszer; fehérjekomplexek; nyelvi modellek és gépi tanuló módszerek a biológia különböző területein, képdiagnosztika, biomarkerek keresése; biológiai labormunka és bioinformatika összehasonlítása, fókuszeltolódás; funkcionális rendezettlen fehérjék; AlphaFold inverz logikával való használata; AlphaFold kapcsán kiosztott Nobel-díjak; AlphaFold betanítása, fehérje szerkezet adatbázisok, redundanciák; orvostudományi eredmények: új fehérjék és antibiotikumok készítése, hormonfehérjék tervezése, gyógyszerfejlesztések; nyelvi modellek használata a tudományban, jegyzőkönyv írás, irodalmazás, AI alapú kereső motorok, visszaélések.
☞ 14 felsőoktatási intézményéből származó kutatási tanulmányok rejtett titkos üzeneteket/utasításokat tartalmaztak, hogy manipulálják a lektoráláshoz (peer review) használt mesterséges intelligenciát.