آیت‌الله سیستانی وابسته به مکتبِ رضا و توکل در اسلام شیعی است و حکومت روحانیان را حکومتی نامشروع می‌داند. اختلاف او با جمهوری اسلامی اختلاف دو مکتب در جهان شیعی است: مکتب فقهی نجف و مکتب فقهی قم. مکتب نجف تاریخی هزار ساله دارد. اما عمر مکتب قم به صد سال هم نمی‌رسد. این مکتب با آیت‌الله خمینی بیش از پیش سیاسی شد. مکتب نجف را پیش از آیت‌الله سیستانی، آیت‌الله خویی نمایندگی می‌کرد. پیروانِ این مکتب معتقدند که دولت باید از دین جدا باشد و در عین حال به همۀ عقاید دینی احترام بگذارد. آیت‌الله سیستانی در خطبه‌ای که روز جمعه به نام او در نماز جمعۀ کربلا خوانده شد، گفت: هیچ فرد، گروه، جناح و هیچ قدرت منطقه‌ای یا بین‌المللی حق ندارد ارادۀ مردم عراق را مصادره و دیدگاهش را بر آنان تحمیل کند.